<div dir="ltr">Hi Konrad,<div><br></div><div>The beta ensembl-vep code [1] supports annotation directly from a GFF file, such as the one available from the GENCODE website [2].</div><div><br></div><div>$ curl <a href="ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/GRCh37_mapping/gencode.v25lift37.annotation.gff3.gz">ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_25/GRCh37_mapping/gencode.v25lift37.annotation.gff3.gz</a> | gzip -dc | grep -v "#" | sort -k1,1 -k4,4n -k5,5n | bgzip -c > gencode.v25lift37.annotation.gff3.gz</div><div>$ tabix -p gff gencode.v25lift37.annotation.gff3.gz</div><div>$ perl <a href="http://vep.pl">vep.pl</a> -i variants.vcf -gff gencode.v25lift37.annotation.gff3.gz -fasta homo_sapiens.fa</div><div><br></div><div>This comes with limitations as the GFF file contains only the transcript structure and not any of the additional annotations. However I do know of someone successfully using LOFTEE with this exact setup.</div><div><br></div><div>Of course usual beta caveats apply, so if you do use it and find bugs please report on the GitHub page.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1] : <a href="https://github.com/willmclaren/ensembl-vep">https://github.com/willmclaren/ensembl-vep</a></div><div>[2] : <a href="http://www.gencodegenes.org/releases/25lift37.html">http://www.gencodegenes.org/releases/25lift37.html</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 26 September 2016 at 20:40, Konrad Karczewski <span dir="ltr"><<a href="mailto:konradk@broadinstitute.org" target="_blank">konradk@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Hi all,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">When running VEP 85 on GRCh37, I believe the process has been to annotate against Gencode 19 (the info.txt seems to confirm this). Realizing the ridiculousness of my request, is there any chance there is a cache floating around for Gencode 25lift37? Would go a long way for ExAC releases. </div><div><br></div>Thanks!<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><div><div style="font-family:helvetica,arial;font-size:13px">-Konrad</div></div></font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>