<div dir="ltr">Hi Caleb,<div><br></div><div>You just need to add a couple of parameters to the standard VEP REST request:</div><div><br></div><div>1) refseq=1 - tells VEP to use RefSeq transcripts instead of Ensembl. You may request both instead with merged=1</div><div><br></div><div>2) numbers=1 - tells VEP to report exon and intron numbers</div><div><br></div><div>Here's an example, the same parameters can be used on any vep/ endpoint:</div><div><br></div><div><a href="https://rest.ensembl.org/vep/human/id/rs699?content-type=application/json&refseq=1&numbers=1">https://rest.ensembl.org/vep/human/id/rs699?content-type=application/json&refseq=1&numbers=1</a><br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 5 October 2016 at 17:21, Caleb Davis <span dir="ltr"><<a href="mailto:caldavis@gmail.com" target="_blank">caldavis@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi dev-ensembl,<div><br></div><div>I would like to annotate intron numbers with respect to refseq transcripts for genomic changes  through the rest api, but I can't figure out how. It looks like I can do what I want through the command line VEP script using --refseq, but I would prefer to use the API if at all possible. Please advise.</div><div><br></div><div>Many thanks, --Caleb</div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>