<div dir="ltr">Hi Caleb,<div><br></div><div>This looks like a bug in our API backend. I'll take a look, but it may be that we're not able to roll out a fix for this until the next Ensembl release (in a couple of months' time).</div><div><br></div><div>For now it should work fine with HGVS input on anything but RefSeq identifiers, as well as genomic coordinates/alleles and rsIDs.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 5 October 2016 at 17:52, Caleb Davis <span dir="ltr"><<a href="mailto:caldavis@gmail.com" target="_blank">caldavis@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thank you, Will. What about for arbitrary NM_* identifiers and hgvs input like:<br>
<br>
<a href="https://rest.ensembl.org/vep/human/hgvs/NM_003718:c.2897+1G" rel="noreferrer" target="_blank">https://rest.ensembl.org/vep/<wbr>human/hgvs/NM_003718:c.2897+1G</a><wbr>>C?hgvs=1&numbers=1&merged=1&<wbr>content-type=application/json<br>
<br>
I get<br>
<br>
{"error":"Could not get a Transcript object for 'NM_003718'"}<br>
<br>
Any suggestions? Thanks, --Caleb<br>
<br>
<br>
> Date: Wed, 5 Oct 2016 17:26:08 +0100<br>
> From: Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>><br>
> Subject: Re: [ensembl-dev] annotate variants on refseq transcripts<br>
>         through rest api ?<br>
> To: Ensembl developers list <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
> Message-ID:<br>
>         <<wbr>CAMVEDX3bJ1bCZ4DhHR4Xb1Hr5Jvht<wbr>0=<a href="mailto:qTrngVPLEy0AGC63Eew@mail.gmail.com">qTrngVPLEy0AGC63Eew@mail.<wbr>gmail.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
> Hi Caleb,<br>
><br>
> You just need to add a couple of parameters to the standard VEP REST<br>
> request:<br>
><br>
> 1) refseq=1 - tells VEP to use RefSeq transcripts instead of Ensembl. You<br>
> may request both instead with merged=1<br>
><br>
> 2) numbers=1 - tells VEP to report exon and intron numbers<br>
><br>
> Here's an example, the same parameters can be used on any vep/ endpoint:<br>
><br>
> <a href="https://rest.ensembl.org/vep/human/id/rs699?content-type=application/json&refseq=1&numbers=1" rel="noreferrer" target="_blank">https://rest.ensembl.org/vep/<wbr>human/id/rs699?content-type=<wbr>application/json&refseq=1&<wbr>numbers=1</a><br>
><br>
> Regards<br>
><br>
> Will McLaren<br>
> Ensembl Variation<br>
><br>
> On 5 October 2016 at 17:21, Caleb Davis <<a href="mailto:caldavis@gmail.com">caldavis@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> Hi dev-ensembl,<br>
>><br>
>> I would like to annotate intron numbers with respect to refseq<br>
>> transcripts for genomic changes  through the rest api, but I can't figure<br>
>> out how. It looks like I can do what I want through the command line VEP<br>
>> script using --refseq, but I would prefer to use the API if at all<br>
>> possible. Please advise.<br>
>><br>
>> Many thanks, --Caleb<br>
>><br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>><br>
>><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>