<div dir="ltr"><div><div><div>Hi everybody,<br><br></div>I am working on Ciona savignyi and I noticed that for many transcripts there is not a stop codon properly annotated even if the stop codon is present. For these transcripts the stop codon is annotated as the beginning of the 3'UTR.<br><br></div>Here is an example of a transcript having a stop codon not annotated<br><a href="http://www.ensembl.org/Ciona_savignyi/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSCSAVG00000001197;r=reftig_7:323743-332751;t=ENSCSAVT00000002079">http://www.ensembl.org/Ciona_savignyi/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSCSAVG00000001197;r=reftig_7:323743-332751;t=ENSCSAVT00000002079</a><br>As you can see the first nucleotides of the 3'UTR are TGA (a stop codon).   <br><br></div><div>While here is a transcript with a properly annotated stop<br><a href="http://www.ensembl.org/Ciona_savignyi/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSCSAVG00000000012;r=reftig_451:111719-120967;t=ENSCSAVT00000000014">http://www.ensembl.org/Ciona_savignyi/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSCSAVG00000000012;r=reftig_451:111719-120967;t=ENSCSAVT00000000014</a><br></div><div>Here the TGA are the last nucleotides of the CDS and the stop is correctly indicated with an asterisk.<br><br></div><div>In addition to the genome browser, this is affecting both the API and the fasta of the CDS downloadable from the FTP (from the wrongly annotated transcript you get a sequence with 3 nucleotide lacking). This error seem to affect transcripts randomly. I have not checked the other species.<br><br></div><div>Am I missing something?<br><br></div><div>Many Thanks<br><br></div><div>Best Regards<br><br></div><div>Remo<br><br></div></div>