<div dir="ltr">Hi Alison,<div><br></div><div>Thanks for bringing this to our attention, there was a bug in the way VEP was handling chromosome names beginning with "chr".</div><div><br></div><div>This should be fixed now in the release/86 branch of the ensembl-variation module; if you used INSTALL.pl to set up your command-line VEP then you can re-run this to pick up the changes.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 21 November 2016 at 15:53, MEYNERT Alison <span dir="ltr"><<a href="mailto:alison.meynert@igmm.ed.ac.uk" target="_blank">alison.meynert@igmm.ed.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_8267717189802556364divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>I've been annotating some GRCh38 (hs38DH) VCFs with VEP 86, and it's working fine for the primary assembly, but I'm getting warnings on the alt contig names, e.g.</p>
<p><br>
</p>
<p>WARNING: Chromosome Un_GL000218v1 not found in cache on line 3416412</p>
<div><br>
</div>
<div>It looks like VEP is just chopping the 'chr' prefixes and not fully mapping the alt contig names to the Ensembl-style versions. Both the web interface and the standalone Perl script give the same results; however, interestingly, when I enter a variant
 like this into the web interface, e.g. </div>
<div><br>
</div>
<div>
<p style="margin-right:0px;margin-left:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">chrUn_GL000218v1<span class="m_8267717189802556364Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">
</span>160424<span class="m_8267717189802556364Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>.<span class="m_8267717189802556364Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">
</span>C<span class="m_8267717189802556364Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>CTTT,CTTTT</span></p>
</div>
<div><br>
</div>
<div>And run the "instant VEP", I get a result (see attached screenshot). If I fix the contig name manually to GL000218.1, I get full results.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers,</div>
<div>Alison</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div id="m_8267717189802556364Signature">
<div id="m_8267717189802556364divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">-- </span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">Alison Meynert</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)"><a href="mailto:alison.meynert@igmm.ed.ac.uk" target="_blank">alison.meynert@igmm.ed.ac.uk</a></span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">MRC Human Genetics Unit</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">MRC IGMM</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">University of Edinburgh</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">Western General Hospital</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">Crewe Road, Edinburgh EH4 2XU</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:13.3333330154419px;background-color:rgb(255,255,255)">United Kingdom</span><br>
</div>
</div>
</font></span></div>
</div>

<br>The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>
Scotland, with registration number SC005336.<br>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>