<div dir="ltr">Hi Ann,<div><br></div><div>TSL values are available only for Ensembl transcripts. The table you refer to shows the NM identifier which has been mapped to the Ensembl transcript by our xref (external references) pipeline. However, the database containing the RefSeq transcripts themselves from which we build the VEP cache does not contain the TSL values or mappings to them.</div><div><br></div><div>This view shows the RefSeq transcript as it exists in that database:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=otherfeatures;g=83715;r=1:6424788-6460944;t=NM_031475.2">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=otherfeatures;g=83715;r=1:6424788-6460944;t=NM_031475.2</a><br></div><div><br></div><div>Hope that's clear</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 30 November 2016 at 15:32, Black-Ziegelbein, Elizabeth A <span dir="ltr"><<a href="mailto:elizabeth-black@uiowa.edu" target="_blank">elizabeth-black@uiowa.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>
<div>
<div>Good morning -</div>
<div><br>
</div>
<div>I am using VEP v 84 , offline mode with caches and local fasta.  We were wanting to use RefSeq only.  We are specifying the —tsl flag – but I don’t see any values appearing in the TSL annotation field. When checking, I see TSL values that I would think
 should be appearing for our refseq transcripts … for example transcript NM_031475 – TSL1 value.  </div>
<div><br>
</div>
<div>Here is how I am running our local install of VEP v84:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --offline --flag_pick_allele -pick_order rank,biotype,tsl,length --canonical --refseq --total_length --tsl --hgvs --dir_cache cache-dir/ --fasta Homo_sapiens.GRCh37.dna.<wbr>primary_assembly.fa 
 -i <myfile> --vcf -o <newfile> --stats_file <newstatsfile></span></p>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img src="cid:6572CBAE-CE6D-40A1-AFAE-356E480CE7ED" type="image/png" width="1018.000000" height="319.000000"></div>
<div><br>
</div>
<div>Any thoughts on how I can get the TSL values for our refseq transcripts when running vep locally?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks so much!</div>
<div><br>
</div>
<div>Ann Black-Ziegelbein</div>
<div>
<div id="m_8819402085725774358MAC_OUTLOOK_SIGNATURE"></div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>