<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>There isn't currently an implementation for this, no - it should be fairly easy to modify ProteinSeqs to do as you wish though. Please do let us know if you need any guidance with that.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 16 December 2016 at 15:15, Irsan Kooi <span dir="ltr"><<a href="mailto:irsankooi88@gmail.com" target="_blank">irsankooi88@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">( tried to post this message to the developers mailing list before but I cannot find it in the archives so I am unsure whether it arrived or not, so excuse me in case I already posted this question.)<br>
<br>
The VEP plugin called ProteinSeqs outputs the full length reference and mutant protein sequence of missense nonsynonymous variants. I would like to get substrings of protein sequences, for example 10 amino acids upstream and downstream of mutation and add them as columns in the VCF. Should I adopt the current ProteinSeqs module to my needs or is there already an implementation of which I am not aware of?<br>
<br>
Many thanks in advance!<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>