<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I'm afraid there's no way to do it through the REST interface.</div><div><br></div><div>The VEP command line tool will happily retrieve this info for you from the ExAC VCF file using the --custom flag [1], though you will need to use the new beta version [2] to do this:</div><div><br></div><div>perl <a href="http://vep.pl" target="_blank">vep.pl</a> -i examples/homo_sapiens_GRCh38.<wbr>vcf -custom ExAC.0.3.GRCh38.vcf.gz,ExAC_<wbr>VCF,vcf,exact,,AC_Hom<br></div><div><br></div><div>This will output it as a tab-delimited file with the data in the Extra column. You can get the VCF from the Ensembl FTP site [3]</div><div><br></div><div>You could even have VEP map this to a field in your VCF:</div><div><br></div><div>perl <a href="http://vep.pl" target="_blank">vep.pl</a> -i examples/homo_sapiens_GRCh38.<wbr>vcf -custom ExAC.0.3.GRCh38.vcf.gz,ExAC_<wbr>VCF,vcf,exact,,AC_Hom -fields ExAC_VCF_AC_Hom -vcf_info_field AC_Hom<br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<wbr>docs/tools/vep/script/vep_<wbr>custom.html</a></div><div>[2] : <a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-vep" target="_blank">https://github.com/Ensembl/<wbr>ensembl-vep</a></div><div>[3] : <a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/variation_genotype/homo_sapiens/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/<wbr>variation_genotype/homo_<wbr>sapiens/</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 19 January 2017 at 14:57, Wolf Beat <span dir="ltr"><<a href="mailto:Beat.Wolf@hefr.ch" target="_blank">Beat.Wolf@hefr.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
<br>
is it somehow possible to retrieve the homozygous frequency/count from exac in the VEP tool available through the REST interface?<br>
<br>
<br>
You already get almost all information from exac, except the nomber of homozygotes (either as a number or as a frequency).<br>
<br>
<br>
Is it planned to add this information, or is it possible to retrieve it otherwise?<br>
<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
<br>
Beat Wolf<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
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