<div dir="ltr">There does seem to be a bug in the cdna coordinate reporting in the JSON output, I'll take a look at this.<div><br></div><div>Assuming you have API access, you can get the CDS start and end relative to the CDS from the transcript object [1]. From within a plugin, this would look something like:</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">sub run {</font></div><div><font face="monospace, monospace">  my ($self, $tva) = @_;</font></div><div><font face="monospace, monospace">  </font></div><div><font face="monospace, monospace">  my $tr = $</font><span style="font-family:monospace,monospace">tva</span><font face="monospace, monospace">->transcript;</font></div><div><font face="monospace, monospace">  my $cds_cdna_start = $tr->cdna_coding_start();</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">  # etc</font></div><div><font face="monospace, monospace">}</font></div><br>Regards<br><br>Will<div><br></div><div>[1] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Transcript.html#a9d16156942ffec6050cb9bbea340e370">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Transcript.html#a9d16156942ffec6050cb9bbea340e370</a><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 30 January 2017 at 15:44, João Eiras <span dir="ltr"><<a href="mailto:joao.eiras@gmail.com" target="_blank">joao.eiras@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 30 January 2017 at 15:06, Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
> Hi Joao,<br>
><br>
> The variant you describe overlaps one base of an intron and four bases of an<br>
> exon. This exon in the transcripts you describe does not form part of the<br>
> coding sequence, and is upstream of the start site, so forms part of the 5'<br>
> UTR, hence why the variant is annotated as a 5' UTR variant.<br>
><br>
<br>
</span>Ah, I got confused, thought for a second splicing sites would occur<br>
only in the CDS (not used to seeing long 5 UTRs).<br>
<br>
Then two follow up questions, why is cdna_start==cdna_end ? Because of<br>
it affecting the splicing site ? I'd expect it at least to be<br>
cdna_start == 221 and cdna_end == 224.<br>
<br>
And, given the TranscriptVariationAllele how can I get the<br>
transcript's cds start offset in relation to the cdna ?<br>
<br>
Thank you !<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>