<div dir="ltr">Hi Afif,<div><br></div><div>You may provide a tab-delimited chromosome synonyms file to VEP that maps (in either direction) the names of your chromosomes as input to the names of the chromosomes as found in the VEP cache. Here we create a simple one as you only require mapping between one chromosome name set!</div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">$ echo "Chromosome\t1" > chr_synonyms.txt</font></div><div><font face="monospace, monospace">$ [vep_command] --synonyms chr_synonyms.txt</font></div><div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 February 2017 at 22:32, Afif Elghraoui <span dir="ltr"><<a href="mailto:aelghraoui@sdsu.edu" target="_blank">aelghraoui@sdsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I'm trying to streamline our VEP workflows and there is this<br>
particularly annoying issue in the available cache files regarding the<br>
chromosome name.<br>
<br>
We work with the mycobacterium_tuberculosis_<wbr>h37rv_ASM19592v2 (previously<br>
GCA_000195955.2) cache file, where the chromosome name is "Chromosome"<br>
rather than "1" as we would have expected. We therefore have steps in<br>
our workflow to replace all the chromosome names with "Chromosome" to<br>
run VEP, then change them back to "1" afterwards.<br>
<br>
Is there a chance that this can be corrected? If not, is there any way<br>
we can locally modify the cache files afterwards? I tried symlinking<br>
Chromosome to 1, but VEP does not work properly if I do it. The<br>
compressed files in the cache folder still appear as binary files after<br>
decompressing.<br>
<br>
Thanks and regards<br>
<br>
Afif<br>
<br>
--<br>
Afif Elghraoui<br>
Laboratory for Pathogenesis of Clinical Drug Resistance and Persistence<br>
San Diego State University<br>
Alvarado Medical Center<br>
6367 Alvarado Court, Suite 206<br>
San Diego, CA 92120<br>
p. 858-222-0454<br>
<a href="http://tuberculosis.sdsu.edu" rel="noreferrer" target="_blank">http://tuberculosis.sdsu.edu</a><br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>