<div dir="ltr">Hi Ensembl Team<div><br></div><div>I had an issue with loading the NCBI data (mus musculus) into release 87.</div><div><br></div><div>I have used the same process as for version 85 (where is works fine).</div><div><br></div><div><br></div><div>With version 85 I got the success output:</div><div><div>------------------------------------------</div><div>46189 genes parsed</div><div>118972 transcripts parsed</div><div>1205181 exons parsed</div><div>23538 non coding genes parsed</div><div>0 Curated Genomic genes parsed</div><div>35 rRNA genes parsed</div><div>425 tRNA genes parsed</div><div>------------------------------------------</div><div>46189 genes stored</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>With the version 87 I got the following error:</div><div><div>-------------------- EXCEPTION --------------------</div><div>MSG: Could not retrieve just stored analysis from database.</div><div>Possibly incorrect db permissions or missing analysis table</div><div><br></div><div>STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::AnalysisAdaptor::store /home/ensembl/release-87/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/AnalysisAdaptor.pm:425</div><div>STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::GeneAdaptor::store /home/ensembl/release-87/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/GeneAdaptor.pm:1264</div><div>STACK toplevel /home/ensembl/release-87/ensembl-pipeline/scripts/refseq_import/<a href="http://parse_ncbi_gff3.pl:986">parse_ncbi_gff3.pl:986</a></div><div>Date (localtime)    = Fri Feb 10 13:18:53 2017</div><div>Ensembl API version = 87</div><div>---------------------------------------------------</div></div><div><br></div><div>I used the same GFF3 file: ref_GRCm38.p4_top_level.gff3.gz</div><div>For loading I used the script: ensembl-pipeline/scripts/refseq_import/<a href="http://parse_ncbi_gff3.pl">parse_ncbi_gff3.pl</a> (correct one for version 85 and 87 (if there is a difference))</div><div><br></div><div>For other species (e.g. r norvegicus) it is working fine.</div><div><br></div><div>Any ideas from your side?</div><div><br></div><div>regards,</div><div>David<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif">David Herzig</font></div><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif">Scientific Application Developer<br>SIAD Solution Delivery & Architecture, pRED Informatics<br>Roche Pharma Research and Early Development<br>Roche Innovation Center Basel<br><br>F. Hoffmann-La Roche Ltd<br>Grenzacherstrasse 124<br>4070 Basel<br>Switzerland<br>Phone +41 61 687 31 70</font><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:imago"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:black;font-size:10pt"><font face="tahoma, sans-serif">Learn more about pRED Informatics at </font></span><a href="http://go.roche.com/pREDi" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.3333px" target="_blank"><span style="font-size:12.8px">http://go.roche.com/</span><b style="font-size:12.8px">pREDi</b></a><br></span></p></div></div></div></div></div>
</div></div>