<div dir="ltr">Hi Poorva,<div><br></div><div>I would recommend that you post-filter your results using <a href="http://filter_vep.pl">filter_vep.pl</a> [1], something like:</div><div><br></div><div>perl <a href="http://filter_vep.pl">filter_vep.pl</a> -filter "ExAC_AF < 0.01 or not ExAC_AF" -i variant_effect_output.txt</div><div><br></div><div>This offers more flexibility that the runtime filtering offered by the --freq_* flags.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_filter.html">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_filter.html</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 March 2017 at 16:43, Mudgal, Poorva <span dir="ltr"><<a href="mailto:poorva@email.unc.edu" target="_blank">poorva@email.unc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="m_125366069463962248WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I work at UNC chapel hill as a Data manager and have used <a href="http://vep.pl" target="_blank">vep.pl</a> lately. We are happy to see the frequencies in numbers rather allele:frequency. I have questions regarding the filters associated with the <a href="http://vep.pl" target="_blank">vep.pl</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<table class="m_125366069463962248MsoNormalTable" border="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:.75pt .75pt .75pt .75pt">
<p class="MsoNormal">'freq_filter=s', # exclude or include<u></u><u></u></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:.75pt .75pt .75pt .75pt"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><span style="display:none"><u></u> <u></u></span></p>
<table class="m_125366069463962248MsoNormalTable" border="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:.75pt .75pt .75pt .75pt">
<p class="MsoNormal">'freq_freq=f', # frequency to filter on<u></u><u></u></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:.75pt .75pt .75pt .75pt"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><span style="display:none"><u></u> <u></u></span></p>
<table class="m_125366069463962248MsoNormalTable" border="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:.75pt .75pt .75pt .75pt">
<p class="MsoNormal">'freq_gt_lt=s', # gt or lt (greater than or less than)<u></u><u></u></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:.75pt .75pt .75pt .75pt"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal">'freq_pop=s', # population to filter on<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Can you please tell me if string or number to be used for above filters? Also we are mostly interested in applying filters on ExAC column (e.g. ExAC_AF_POPMAX < 0.01 or isMissing(ExAC_AF_POPMAX) ). Looking forward to hearing from you.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Poorva<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>