<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>It might be that the GTF file you have supplied is not being parsed correctly by <a href="http://gtf2vep.pl">gtf2vep.pl</a>. If you add --verbose to your <a href="http://gtf2vep.pl">gtf2vep.pl</a> command you should hopefully see some warnings that might give you a clue what is lacking in your file.</div><div><br></div><div>Our new beta release of VEP, ensembl-vep, includes much improved functionality for using annotations in GFF/GTF, see <a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-vep">https://github.com/Ensembl/ensembl-vep</a> for details. This beta will become the official release of VEP in the coming weeks.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 6 March 2017 at 14:57, DUTTA Prasun <span dir="ltr"><<a href="mailto:s0928794@sms.ed.ac.uk" target="_blank">s0928794@sms.ed.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_7680233701438312196divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<div id="m_7680233701438312196divRplyFwdMsg" dir="ltr"><br>
</div>
<div>
<div id="m_7680233701438312196divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Hi,
<p><br>
</p>
<p>I was <span>trying to build a cache from a GTF file that corresponds to a water buffalo (no ensemble database/annotation available, only available in NCBI Genome database) and was following the underwritten commands according to  your website (<a id="m_7680233701438312196LPlnk283259" href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.html" class="m_7680233701438312196OWAAutoLink" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<wbr>docs/tools/vep/script/vep_<wbr>cache.html</a>):</span></p>
<p><br>
<span></span></p>
<p><span><span>perl <a href="http://gtf2vep.pl" target="_blank">gtf2vep.pl</a> -i GCF_000471725.1_UMD_CASPUR_WB_<wbr>2.0_genomic.revised.gtf -f GCF_000471725.1_UMD_CASPUR_WB_<wbr>2.0_genomic.fa -d 87-s buffalo</span></span></p>
<p><br>
<span></span></p>
<p><br>
<span></span></p>
<div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -offline -i varfiltered_F3_M3_merged_0h_<wbr>7h_sorted_samtools_with_<wbr>variant_type_without_INDEL_<wbr>bcftools_snpSift.vcf --species buffalo -o varfiltered_F3_M3_merged_0h_<wbr>7h_sorted_samtools_with_<wbr>variant_type_without_INDEL_<wbr>bcftools_snpSift_VEP.vcf<br>
</div>
<p></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>But, I am getting a following error:</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<div>ERROR: Cache directory /nfs_netapp/s0928794/.vep/<wbr>buffalo not found<br>
</div>
<br>
<p></p>
<p><span>I checked '<span>/nfs_netapp/s0928794/.vep/</span>' and indeed there was no buffalo folder there. Kindly let me know what am I missing and what should I do so that I can successfully use VEP to annotate my variants that I have for water buffalo.<br>
</span></p>
<p><span></span><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="m_7680233701438312196Signature">
<div id="m_7680233701438312196divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>Regards,<br>
Prasun Dutta, M.Sc. (Bioinformatics)<br>
PhD Student, Developmental Biology Division (Hume Group)<br>
The Roslin Institute, <span>The University of Edinburgh, Scotland, UK</span><br>
M: <a href="tel:+44%207438%20743406" value="+447438743406" target="_blank">+447438743406</a></span><span class="m_7680233701438312196HOEnZb m_7680233701438312196adL"><font color="#888888"><a id="m_7680233701438312196LPNoLP" title="Ctrl+Click or tap to follow the link" href="tel:%2B447438743406" value="+447438743406" target="_blank"></a></font></span>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>
Scotland, with registration number SC005336.<br>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>