<div dir="ltr">Hi ENSEMBL,<br clear="all"><div><br></div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div style="font-size:12.8px">I have successfully been using ensembl tool release 75 for a while.  Now, I'm planning to start using the github version because of the speed increase as well as new features.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">However, I am having trouble running VEP.  I get the following error.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div><br></div><div>ernie-sears:ensembl-vep_git_<wbr>beta havasquezgross$ ./<a href="http://vep.pl/" target="_blank">vep.pl</a> --species triticum_aestivum -i Josh_mut_v4.mapspart2.<wbr>HetMinCov3HetMinPer15HomMinCov<wbr>2.vcf -o Josh_mut_v4.mapspart2.<wbr>HetMinCov3HetMinPer15HomMinCov<wbr>2.vep.vcf --fork 4 --db_version 34 --assembly TGACv1 --force_overwrite</div><div><div>WARNING: Chromosome TGACv1_scaffold_001462_1AL not found in annotation sources or synonyms on line 1</div><div><br></div><div>WARNING: Chromosome TGACv1_scaffold_001462_1AL not found in annotation sources or synonyms on line 2</div><div><br></div><div>WARNING: Chromosome TGACv1_scaffold_001462_1AL not found in annotation sources or synonyms on line 3</div><div><br></div><div>WARNING: Chromosome TGACv1_scaffold_001462_1AL not found in annotation sources or synonyms on line 4</div><div><br></div><div>WARNING: Chromosome TGACv1_scaffold_001462_1AL not found in annotation sources or synonyms on line 5</div><div><br></div><div>WARNING: Chromosome TGACv1_scaffold_001462_1AL not found in annotation sources or synonyms on line 6</div><div><br></div><div><br></div><div>However, looking at the VEP cache, this folder is actually present. Do you have any suggestions why this error could be showing up?</div><div><br></div><div><div>ernie-sears:TGACv1_scaffold_<wbr>001462_1AL havasquezgross$ pwd</div><div>/Users/havasquezgross/.vep/<wbr>triticum_aestivum/34_TGACv1/<wbr>TGACv1_scaffold_001462_1AL</div><div>ernie-sears:TGACv1_scaffold_<wbr>001462_1AL havasquezgross$ ls -1</div><div>1-1000000.gz</div><div>1-1000000_var.gz</div></div><div><br></div><div><br></div><div>I also have a symlink in the .vep/triticum_aestivum folder which points the directory 34_TGACv1 to 34 as well, so I can run with the old release 75 version which I have been using for years.  Running with release 75 doesn't print this same warning and produces results.</div><div><br></div><div>time ./<a href="http://variant_effect_predictor.pl/" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -species triticum_aestivum -i v41.mapspart2.<wbr>HetMinCov3HetMinPer15HomMinCov<wbr>2.vcf -o v41.mapspart2.<wbr>HetMinCov3HetMinPer15HomMinCov<wbr>2.vep.vcf --fork 4 --offline --db_version 34 --force_overwrite --compress gzcat --vcf<br></div><div>[...clip...]</div><div><div>2017-03-27 15:22:32 - Writing output</div><div>2017-03-27 15:22:32 - Processed 239683 total variants (585 vars/sec, 781 vars/sec total)</div><div>2017-03-27 15:22:34 - Wrote stats summary to v41.mapspart2.<wbr>HetMinCov3HetMinPer15HomMinCov<wbr>2.vep.vcf_summary.html</div><div>2017-03-27 15:22:34 - Finished!</div><div><br></div><div>real<span class="gmail-m_-8807591114552963403gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>5m9.791s</div><div>user<span class="gmail-m_-8807591114552963403gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">  </span>17m47.120s</div><div>sys<span class="gmail-m_-8807591114552963403gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>5m17.075s</div></div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>-Hans</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>