<div dir="ltr">On Fedora you should use yum to install packages, though you'll have to find yourself the names of those required. The following may work for you:<div><br>yum install yum install gcc gcc-c++ autoconf automake</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 6 April 2017 at 14:43, Platon workaccount <span dir="ltr"><<a href="mailto:platon.work@gmail.com" target="_blank">platon.work@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class="">$ perl INSTALL.pl<br><br>Hello! This installer is configured to install v88 of the Ensembl API for use by the VEP.<br>It will not affect any existing installations of the Ensembl API that you may have.<br><br>It will also download and install cache files from Ensembl's FTP server.<br><br>Checking for installed versions of the Ensembl API...done<br><br>Setting up directories<br> - fetching BioPerl<br> - unpacking ./Bio/tmp/release-1-6-924.zip<br></span> - moving files<br>Attempting to install Bio::DB::HTS and htslib.<br><br>>>> If this fails, try re-running with --NO_HTSLIB<br><br>which: no cc in (/usr/local/bin:/usr/local/<wbr>sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/home/<wbr>pl/.local/bin:/home/pl/bin)<br>  'cc' command not in path. Please install it and try again.<br>  (or to skip Bio::DB::HTS/htslib install re-run with --NO_HTSLIB)<br><br>  On Debian/Ubuntu systems you can do this with the command:<br><br>  apt-get install build-essential<br><br>----------<br><span id="m_-8599925561343601303inbox-inbox-result_box" class="m_-8599925561343601303inbox-inbox-short_text" lang="en"><span class="m_-8599925561343601303inbox-inbox-alt-edited">Next I tried the command "sudo dnf install build-essential". <span id="m_-8599925561343601303inbox-inbox-result_box" class="m_-8599925561343601303inbox-inbox-" lang="en"><span class="m_-8599925561343601303inbox-inbox-">Unfortunately, this program is not available in the Fedora repository.<span id="m_-8599925561343601303inbox-inbox-result_box" class="m_-8599925561343601303inbox-inbox-" lang="en"><span class="m_-8599925561343601303inbox-inbox-"></span></span></span></span></span></span></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">чт, 6 апр. 2017 г. в 15:55, Platon workaccount <<a href="mailto:platon.work@gmail.com" target="_blank">platon.work@gmail.com</a>>:<br></div><div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg">$ perl INSTALL.pl<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Hello! This installer is configured to install v88 of the Ensembl API for use by the VEP.<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">It will not affect any existing installations of the Ensembl API that you may have.<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">It will also download and install cache files from Ensembl's FTP server.<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Checking for installed versions of the Ensembl API...done<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Setting up directories<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"> - fetching BioPerl<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"> - unpacking ./Bio/tmp/release-1-6-924.zip<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">caution: filename not matched:  -qq<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">ERROR: Failed to unpack file ./Bio/tmp/release-1-6-924.zip<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"></div><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><div class="gmail_quote m_-8599925561343601303gmail_msg"><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg">ср, 5 апр. 2017 г. в 20:32, Platon workaccount <<a href="mailto:platon.work@gmail.com" class="m_-8599925561343601303gmail_msg" target="_blank">platon.work@gmail.com</a>>:<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"></div></div><div class="gmail_quote m_-8599925561343601303gmail_msg"><blockquote class="gmail_quote m_-8599925561343601303gmail_msg" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><span id="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330inbox-inbox-result_box" class="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330inbox-inbox- m_-8599925561343601303gmail_msg" lang="en"><span class="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330inbox-inbox- m_-8599925561343601303gmail_msg">Thanks for the answer!</span> <span class="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330inbox-inbox- m_-8599925561343601303gmail_msg">I re-cloned the repository.</span> <span class="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330inbox-inbox- m_-8599925561343601303gmail_msg">But now a new error has appeared:</span></span><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">$ perl INSTALL.pl<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Bio/EnsEMBL/VEP/Utils.pm did not return a true value at INSTALL.pl line 48.</div><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">BEGIN failed--compilation aborted at INSTALL.pl line 48.<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"></div><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg"></div><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><div class="gmail_quote m_-8599925561343601303gmail_msg"><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg">ср, 5 апр. 2017 г. в 15:35, Platon workaccount <<a href="mailto:platon.work@gmail.com" class="m_-8599925561343601303gmail_msg" target="_blank">platon.work@gmail.com</a>>:<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"></div></div><div class="gmail_quote m_-8599925561343601303gmail_msg"><blockquote class="gmail_quote m_-8599925561343601303gmail_msg" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><span id="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330m_-1126797793145657762inbox-inbox-result_box" class="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330m_-1126797793145657762inbox-inbox- m_-8599925561343601303gmail_msg" lang="en"><span class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Hello!</span> <span class="m_-8599925561343601303m_4263564180711318430m_-7550327517482967330m_-1126797793145657762inbox-inbox- m_-8599925561343601303gmail_msg">When installing Ensembl VEP on Fedora 26 the following error occurs:<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"><br class="m_-8599925561343601303gmail_msg"></span></span>$ cd ensembl-vep<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">$ perl INSTALL.pl<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Global symbol "$GunzipError" requires explicit package name (did you forget to declare "my $GunzipError"?) at /home/pl/ensembl-vep/modules/<wbr>Bio/EnsEMBL/VEP/Utils.pm line 226.<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">Compilation failed in require at INSTALL.pl line 48.<br class="m_-8599925561343601303gmail_msg">BEGIN failed--compilation aborted at INSTALL.pl line 48.</div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>