<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>This is tangential to Ensembl; however, I hope the Ensembl dev might have some advice.  We're using a GFF provided by Ensembl; however, we transformed some of the reference names and would like to re-sort the GFF.  GFFs have a non-trivial sorting behavior, with the lines normally grouped by Parent feature and then sorted on coordinate within that group.  The tool gffread is the closest I have found to a utility that can handle this; however, it omits lines lacking "Parent=", meaning some of the non-gene features from the Ensembl GFF are dropped.  Do you have any tools you use internally to work with your GFF files?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Ben Bimber</div></div>