<div dir="ltr">Hi Anja, <div><br></div><div>I have got it working. I had the packages set up incorrectly at the top. </div><div><br></div><div>Thanks anyways :)</div><div><br></div><div>Lee</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 16, 2017 at 1:37 PM, Anja Thormann <span dir="ltr"><<a href="mailto:anja@ebi.ac.uk" target="_blank">anja@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello Lee,<div><br></div><div>could you please share the code that you are running to retrieve the variant data? It looks to me as if the variation adaptor is not defined.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Anja</div><div><br></div><div><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 11 May 2017, at 17:56, Lee Stopak <<a href="mailto:lee.stopak@ada.com" target="_blank">lee.stopak@ada.com</a>> wrote:</div><br class="m_-3855058432788321931Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hi all, </span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I have just installed BioPerl to use Ensembl API to access SNP information that I need for a project that I am working on. I have followed all the prompts, and am trying to use the sample code to access variants, using the ‘fetch_by_name’ function. However, I am getting an error response: </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">Can't call method "fetch_by_name" on an undefined value</span></div></div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-family:helvetica;font-size:12px">Many other functions are working and running, for example getting by chromosome ID. Can somebody give me some advice on why this is happening?</span></div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-family:helvetica;font-size:12px"><br></span></div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-family:helvetica;font-size:12px">Thank you, </span></div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-family:helvetica;font-size:12px"><br></span></div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo"><span style="font-family:helvetica;font-size:12px">Lee</span></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>