<div dir="ltr">Hi John<div><br></div><div>The RefSeq GFF files are imported into Ensembl's otherfeatures databases directly, which is then used by VEP to create RefSeq cache files [1].</div><div><br></div><div>By default Ensembl and VEP does not account for any potential sequence differences between RefSeq sequences and the genome, although in human GRCh38 the existence of differences is flagged [2]. However, VEP does have a fairly new feature whereby RefSeq models can be corrected on the fly by NCBI-issued BAM files [3].</div><div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1] : <a href="http://www.ensembl.org/Help/Faq?id=294">http://www.ensembl.org/Help/Faq?id=294</a></div><div>[2] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#refseq_match">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#refseq_match</a></div><div>[3] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_other.html#refseq">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_other.html#refseq</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 14 June 2017 at 16:26, John M.C. Ma <span dir="ltr"><<a href="mailto:manchunjohn-ma@uiowa.edu" target="_blank">manchunjohn-ma@uiowa.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
<br>
Currently, there's an option of using RefSeq annotations for 17<br>
species. While the info.txt file from the cache files in question do<br>
list the source GFF annotation (for example, for<br>
homo_sapiens_refseq_vep_89_<wbr>GRCh38.tar.gz the source annotation is<br>
listed as GCF_000001405.34_GRCh38.p8_<wbr>genomic.gff), does Ensembl uses<br>
the annotations verbatim, or do you perform extra steps to map the<br>
features in question?<br>
<br>
Thanks for your answer in response.<br>
<br>
Best regards,<br>
John MC Ma<br>
Department of Lymphoma/Myeloma research<br>
UT MD Anderson Cancer Center<br>
Houston, Texas<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>