<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>It is observed that the GeneSplicer plugin is only returning results for first result of the same variant.</div><div><br></div><div>It is caused by updated cache:</div><div><ol><li>The methods <font face="monospace, monospace">results_from_cache</font> and <font face="monospace, monospace">results_from_seq</font> return <a href="https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/b25f865c97a30ffdca18f63040f715032578ea8a/GeneSplicer.pm#L186-L187">an array of hash</a>.</li><li>The method <font face="monospace, monospace">compare_results</font> returns <a href="https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/b25f865c97a30ffdca18f63040f715032578ea8a/GeneSplicer.pm#L190-L191">the array (<font face="monospace, monospace">lost</font> and <font face="monospace, monospace">diff</font>) that contains same hashes</a> (for case of diff, it <a href="https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/b25f865c97a30ffdca18f63040f715032578ea8a/GeneSplicer.pm#L332-L334">modifies</a> score and confidence of hash in first array).</li><li>When <a href="https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/b25f865c97a30ffdca18f63040f715032578ea8a/GeneSplicer.pm#L220">formatting result</a>, the <font face="monospace, monospace">map_ss_coords</font> method modifies the <font face="monospace, monospace">end5</font> and <font face="monospace, monospace">end3</font> property of the cache. The cache now contains translated positions. Subsequent runs of the plugin on the same sequence grep overlapping results using the translated positions and thus no result is returned.</li></ol><div>The quick fix I am using is to deep clone the values returned from <font face="monospace, monospace">results_from_cache</font> and <font face="monospace, monospace">results_from_seq</font>.</div></div><div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span>Regards,<br>Wallace Ko<br></span></div><div><span>L3 Bioinformatics<br></span></div></div></div></div></div>
</div></div>