<div dir="ltr">Dear Developers,<div><br></div><div><span style="line-height:1.5">I want to add custom annotation to VEP.</span></div><div><span style="line-height:1.5">Specifically I want to add the gnomad coverage downloaded from here:</span></div><div><a href="http://gnomad.broadinstitute.org/downloads">http://gnomad.broadinstitute.org/downloads</a><br></div><div><br></div><div>This is important because a colleague pointed out that, at the moment, it not possible to distinguish between not covered and covered but zero allele freq in gnomad.</div><div><br></div><div>My first attempt was to convert to VCF with REF and ALT set to 'X' as they should not be needed by tabix.  However this doesn't work.</div><div><br></div><div>Does VEP use the REF and ALT in the matching then?  I thought it was simply using positions with tabix.</div><div><br></div><div>For now, I have converted the per position coverage files to bed instead and that seems to work ok, although the output is not as nice.</div><div><br></div><div>Many Thanks,</div><div><br></div><div>Nikolas.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>