<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I have an update that may shed a light but I cannot figure out.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">With the command in my previous email, I see that the stableID is ENSG00000259634. As I enter this ID in the web site, I see  <br><br>Gene: RP11-529H20.5 ENSG00000259634  . Location  Chromosome 14: 92,524,896-92,525,877 reverse strand.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">As you can see the start and end numbers matches with my previous email and its name is not ATXN3 which I requested in the command. So, the question is that why fetch_all_by_external_name("<wbr>atxn3") returns that.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">In my previous questions, Emily pointed that function may returns LRGs. For me it is hard to understand since I am not an expert in that field. I want to the get the main gene and not anything else.<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 15, 2017 at 2:15 PM, Mahmood Naderan <span dir="ltr"><<a href="mailto:mahmood.nt@gmail.com" target="_blank">mahmood.nt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hi,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">With this code<br><br>  my @genes = @{ $gene_adaptor->fetch_all_by_<wbr>external_name("atxn3) };<br>  my $gene  = @genes[0];<br>  my $start = $gene->start();<br>  my $end   = $gene->end();<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I see that<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">  start=92524896<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">  end=92525877<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">However, from the website, I see<br>  Chromosome 14: 92,524,896-92,572,965<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">As you can see, the end numbers are different.<br><a href="http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Sequence?db=core;g=ENSG00000066427;r=14:92524896-92572965" target="_blank">http://grch37.ensembl.org/<wbr>Homo_sapiens/Gene/Sequence?db=<wbr>core;g=ENSG00000066427;r=14:<wbr>92524896-92572965</a><br><br><br> Is there any reason for that?<br><br></div><div><div class="m_8338690354492335674gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div>
</div>
</blockquote></div><br></div>