<div dir="ltr">Hi all, <div><br></div><div>I am doing a number of calls to fetch ancestral allele, minor allele, and allele frequency data. Overall, I have about 35000 SNPs to fetch. I have no problem doing the calls, but about 15% of them return an identical base as both the minor allele and the ancestral allele. When I then lookup that SNP on the ensembl webpage, they are NOT the same allele, but are different. Here are a few SNPs where the minor and ancestral allele are returned the same: </div><div><br></div><div>rs7636839<br></div><div>rs2495239<br></div><div>rs11705932<br></div><div>rs6999859<br></div><div>rs7432328<br></div><div>rs546131<br></div><div>rs6003982<br></div><div>rs2203205<br></div><div>rs10101158<br></div><div>rs7366282<br></div><div><br></div><div>Does anybody know why this is? I don't think it is a bug in my code, considering the rest of the calls are returned correctly. </div><div><br></div><div>Thanks!</div></div>