<div dir="ltr">I have taken a few years off from bioinformatics to grow stem cells. Things in the ensembl api/db seem to have changed a bit in my absence.<div><br></div><div>1. When I make an API query in homo_sapiens_90_38 such as $gene_adapter->fetch_all(), I get genes with stable_ids in the form ENSESTG*.</div><div><br></div><div>However when I query the sql db with select * from homo_sapiens_core_90_38.gene, the ids have the conventional form ENSG*.</div><div><br></div><div>2. The property gene->{status} seems not to exist. This used to contain KNOWN, PUTATIVE, or NOVEL.</div><div><br></div><div>My question is, is it possible to use the API to get, say, all ensembl genes that are KNOWN and their ENSG ids?</div><div> </div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>ॐ<br>Michael Yourshaw<br><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu" target="_blank">myourshaw@gmail.com</a><br><br>This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</div></div></div></div>
</div></div>