<div dir="ltr">Thanks Thibaut,<div><br></div><div>I was also thinking that we could just put all the sequence / genes in as normal, then flag them as 'components' of the same genome for Compara. I think the only practical concern of having 'duplicated' phases is that Compara will think these are duplicate genes. However, if we flag them as components, it /should/ 'do the right thing'^{tm}.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 17 October 2017 at 10:24, Thibaut Hourlier <span dir="ltr"><<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank">thibaut@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Dan,<br><div>Yes it is the best solution in the actual schema. We have ‘haplotype’ which might be better, it works the same but with a different name. If there is a new assembly, an assembly patch would be part of the new assembly.  The relationship is only based on the reference. If you have: reference, phase1, phase2 you will be able to show: reference <-> phase1, reference <-> phase2. But I don’t think you will be able to show phase1 <-> phase2 on the website. In theory the API can probably manage phase1 <-> phase2 but I don’t think we’ve ever tried it.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Thibaut</div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 16 Oct 2017, at 15:08, Dan Bolser <<a href="mailto:dbolser@ebi.ac.uk" target="_blank">dbolser@ebi.ac.uk</a>> wrote:</div><br class="m_3422793069887237296Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 16 October 2017 at 14:40, Dan Bolser <span dir="ltr"><<a href="mailto:dbolser@ebi.ac.uk" target="_blank">dbolser@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>We have a genome assembly where several scaffolds have been identified as different phases of a *heterozygous* diploid individual.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Spell chequer FTW!</div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>How best to represent these in Ensembl? As assembly patches?<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Many thanks,</div><div>Dan.</div></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>