<html><head><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Hi Michael,</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Any fields that can have multiple values should be returned as a list, not a comma-separated string, so I’d say this is a bug in the  old code which has not been comprehensively fixed in the new.</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Can you please provide a complete list of those fields you’ve found a problem with? We’ll then get these fixed for release/91.</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Regards</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Will McLaren</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Ensembl Variation</div> <br> <div id="bloop_sign_1509629727236328192" class="bloop_sign"></div> <br><p class="airmail_on">On 1 November 2017 at 12:56:13 pm, D'Eletto, Michael (<a href="mailto:michael.d'eletto@ynhh.org">michael.d'eletto@ynhh.org</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite" class="clean_bq"><span><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><div></div><div>



<title></title>


Hi Ensembl team,<br>
<br>
I've been using VEP for the past year (release 83) and I'm trying
to test / validate the latest VEP version (release 90).  We
use the "--json" flag as the method of output, but noticed that the
field types changed between release 83 and release 90.  Is
this due to changes in the new "vep" script versus the
"variant_effect_predictor.pl" script?  Specifically, some
fields like "pubmed" and "clin_sig" were converted from arrays /
lists to concatenated strings in the latest version, and other
fields like "trembl" and "swissprot" were converted from
concatenated strings to arrays / lists.  Just curious if this
was intentional or a bug.  For example:<br>
<br>
<span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(102, 14, 122); font-weight: bold;" class="">"pubmed"</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">: [</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(0, 0, 255);" class="">20632448</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">,</span> <span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(0, 0, 255);" class="">21356067</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">]<br>
<br>
vs<br></span><br>
<pre style="background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Menlo; font-size: 9pt;" class=""><span style="color:#660e7a;font-weight:bold;" class="">"pubmed"</span>: <span style="color:#008000;font-weight:bold;" class="">"20632448,21356067"</span></pre>
<br>
Thank you,<br>
<br>
Mike D'Eletto<br>
<br>
<br>
<br>
<font size="1" face="Lucida Sans">This message originates from the
Yale New Haven Health System. The information contained in this
message may be privileged and confidential. If you are the intended
recipient you must maintain this message in a secure and
confidential manner. If you are not the intended recipient, please
notify the sender immediately and destroy this message. Thank
you.</font>


_______________________________________________
<br>Dev mailing list    Dev@ensembl.org
<br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev
<br>Ensembl Blog: http://www.ensembl.info/
<br></div></div></span></blockquote></body></html>