<html><head><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Hi Mike,</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Thanks, that confirms what I’ve found checking through the code.</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">You’re correct in that VEP doesn’t control what comes back from plugins.</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Thanks for the feedback</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Will</div> <br> <div id="bloop_sign_1509717569584358912" class="bloop_sign"></div> <br><p class="airmail_on">On 3 November 2017 at 8:44:39 am, D'Eletto, Michael (<a href="mailto:michael.d'eletto@ynhh.org">michael.d'eletto@ynhh.org</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite" class="clean_bq"><span><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><div></div><div>



<title></title>


<p>Hi Will,</p>
<p>It looks like its only the "clin_sig" and "pubmed" fields. 
There are a few other fields I see in the output, but those are
coming from the dbNSFP plugin, so I'm not sure if VEP controls the
output format for fields added by plugins.  For default VEP
without plugins, only the "clin_sig" and "pubmed" fields seem to be
affected.<br></p>
<p>Best,<br></p>
<p>Mike D'Eletto<br></p>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 11/02/2017 09:37 AM, William
McLaren wrote:<br></div>
<blockquote type="cite" cite="mid:etPan.59fb1f93.5214b89c.1299@ebi.ac.uk">

<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Hi Michael,</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br></div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Any fields that can have multiple values should be returned as a
list, not a comma-separated string, so I’d say this is a bug in the
 old code which has not been comprehensively fixed in the
new.</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br></div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Can you please provide a complete list of those fields you’ve found
a problem with? We’ll then get these fixed for release/91.</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br></div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Regards</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
<br></div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Will McLaren</div>
<div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">
Ensembl Variation</div>
<br>
<br>
<p class="airmail_on">On 1 November 2017 at 12:56:13 pm, D'Eletto,
Michael (<a href="mailto:michael.d%27eletto@ynhh.org" moz-do-not-send="true">michael.d'eletto@ynhh.org</a>) wrote:</p>
<blockquote type="cite" class="clean_bq">
<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div><span>Hi Ensembl team,<br>
<br>
I've been using VEP for the past year (release 83) and I'm trying
to test / validate the latest VEP version (release 90).  We
use the "--json" flag as the method of output, but noticed that the
field types changed between release 83 and release 90.  Is
this due to changes in the new "vep" script versus the
"variant_effect_predictor.pl" script?  Specifically, some
fields like "pubmed" and "clin_sig" were converted from arrays /
lists to concatenated strings in the latest version, and other
fields like "trembl" and "swissprot" were converted from
concatenated strings to arrays / lists.  Just curious if this
was intentional or a bug.  For example:<br>
<br>
<span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(102, 14, 122); font-weight: bold;" class="">"pubmed"</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">: [</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(0, 0, 255);" class="">20632448</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">,</span> <span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(0, 0, 255);" class="">21356067</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 9pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">]<br>
<br>
vs<br></span><br></span>
<pre style="background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Menlo; font-size: 9pt;" class=""><span style="color:#660e7a;font-weight:bold;" class="">"pubmed"</span>: <span style="color:#008000;font-weight:bold;" class="">"20632448,21356067"</span></pre>
<br>
Thank you,<br>
<br>
Mike D'Eletto<br>
<br>
<br>
<br>
<font size="1" face="Lucida Sans">This message originates from the
Yale New Haven Health System. The information contained in this
message may be privileged and confidential. If you are the intended
recipient you must maintain this message in a secure and
confidential manner. If you are not the intended recipient, please
notify the sender immediately and destroy this message. Thank
you.</font> _______________________________________________<br>
Dev mailing list <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>

Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><br></div>
</div>
</blockquote>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
<br>
<pre wrap="">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a>
</pre></blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72"></pre>


</div></div></span></blockquote></body></html>