<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello,<br><br></div>I am trying to apply the ProteinTrees pipeline to a set of Ensembl and non-Ensembl genomes. <br><br>When running the pipeline without a master database (via <a href="http://beekeeper.pl">beekeeper.pl</a>) I get the following error:<br><br>ensembl_compara_90 ncbi_taxa_node  | sed "s/ENGINE=MyISAM/ENGINE=InnoDB/" |  mysql -h127.0.0.1 -P3306 -uroot -p$EHIVE_TMP_PASSWORD_0 hd_cc141_test_protein_trees_no_master_90' resulted in an error code=2<br>stderr is: mysql: [Warning] Using a password on the command line interface can be insecure.<br>mysqldump: Got error: 1044: Access denied for user 'anonymous'@'%' to database 'ensembl_compara_90' when doing LOCK TABLES <br><br><br></div>Is there a way to pass --skip-lock-tables to the pipeline (e.g. in the conf file) in order to be able to dump the database?<br><br></div>Thanks,<br></div>Francesco.<br><div><div><div><br><br></div></div></div></div>