<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Mateus,<br><br></div>thank you for your answer.<br><br></div>I am using 'ncbi_db'   => 'mysql://<a href="http://anonymous@ensembldb.ensembl.org/ensembl_compara_90">anonymous@ensembldb.ensembl.org/ensembl_compara_90</a>' to conncect to ncbi_db (I used the same value as in the NoMasterProteinTrees_conf.pm example).<br><br></div>The failing analysis is copy_ncbi_table(9).<br><br></div>Cheers,<br></div>Francesco.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-11-09 16:29 GMT+01:00 Mateus Patricio <span dir="ltr"><<a href="mailto:mateus@ebi.ac.uk" target="_blank">mateus@ebi.ac.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Francesco,<div><br></div><div>Looks like your pipeline is using the user anonymous to connect to the database.</div><div><br></div><div>I would suggest that you add the skip option within your runnable.</div><div><br></div><div>Which analysis is actually failing?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Mateus.</div><div><br></div><div><br></div><div><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 8 Nov 2017, at 17:36, Francesco Lamanna <<a href="mailto:francesco.lamanna@gmail.com" target="_blank">francesco.lamanna@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-3216016505973850452Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello,<br><br></div>I am trying to apply the ProteinTrees pipeline to a set of Ensembl and non-Ensembl genomes. <br><br>When running the pipeline without a master database (via <a href="http://beekeeper.pl/" target="_blank">beekeeper.pl</a>) I get the following error:<br><br>ensembl_compara_90 ncbi_taxa_node  | sed "s/ENGINE=MyISAM/ENGINE=<wbr>InnoDB/" |  mysql -h127.0.0.1 -P3306 -uroot -p$EHIVE_TMP_PASSWORD_0 hd_cc141_test_protein_trees_<wbr>no_master_90' resulted in an error code=2<br>stderr is: mysql: [Warning] Using a password on the command line interface can be insecure.<br>mysqldump: Got error: 1044: Access denied for user 'anonymous'@'%' to database 'ensembl_compara_90' when doing LOCK TABLES <br><br><br></div>Is there a way to pass --skip-lock-tables to the pipeline (e.g. in the conf file) in order to be able to dump the database?<br><br></div>Thanks,<br></div>Francesco.<br><div><div><div><br><br></div></div></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>