<html><head><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Hi Luke,</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Thanks for the report. This was occurring because your input variant has an ALT allele that matches the reference base in the RefSeq transcript; VEP was then dismissing this as non-variant so not producing any output. See [1] for more info on how VEP deals with RefSeqs that do not match the reference genome.</div><div id="bloop_customfont" style="margin: 0px;"><div id="bloop_customfont" style="margin: 0px;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="margin: 0px;">I've patched a fix to the ensembl-variation repo which contains the code for handling this; if you re-run INSTALL.pl you should be able to pick up the fix.</div></div> <div><br></div>We’ll get the web code updated to match hopefully tomorrow.<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1]: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_other.html#refseq">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_other.html#refseq</a></div><div> <div id="bloop_sign_1511284710025531136" class="bloop_sign"></div> <br><p class="airmail_on">On 21 November 2017 at 2:34:55 pm, Luke Goodsell (<a href="mailto:l.goodsell@achillestx.com">l.goodsell@achillestx.com</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite" class="clean_bq"><span><div><div></div><div>Apologies for the scrambled VCF data. Here it is with spaces for tabs:

<br>

<br>#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO

<br>chr1 16903882 . T C . . .

<br>chr1 148932885 . C T . . .

<br>

<br>Kind regards,

<br>Luke

<br>

<br>On 21/11/2017, 14:32, "Dev on behalf of Luke Goodsell" <dev-bounces@ensembl.org on behalf of l.goodsell@achillestx.com> wrote:

<br>

<br>    Hi,

<br>

I have a couple of variants (listed below) that are missing output when run through vep v90.7 for GRCh37 RefSeq transcripts with the latest cache.

<br>

<br>        #CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFO

<br>        chr116903882.TC...

<br>        chr1148932885.CT...

<br>

<br>    Example command:

<br>

<br>        vep --input_file snvs.vcf --output_file snvs_annotated.vcf --dir_cache [PATH] --fasta [PATH] --cache --offline --assembly "GRCh37" --refseq --vcf

<br>

The output file is exactly the same as the input but with vep’s header lines added. I would expect at least something like “CSQ=C|intergenic_variant|MODIFIER||||||||||||||||||||||||||||” to be added to the INFO field to show that the variant was passed through vep.

<br>

I have reproduced this with the online VEP interface (https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fgrch37.ensembl.org%2FHomo_sapiens%2FTools%2FVEP&data=02%7C01%7Cl.goodsell%40achillestx.com%7C06520598b7a04c5c832108d530ecaf4c%7C6681f8afefec4f58b633944e0b80eb58%7C0%7C0%7C636468715487973256&sdata=nCL2VQoHuvQKkUOdjflkHT5A4KK3iuauWga1ioNoZAw%3D&reserved=0 ; select “RefSeq transcripts” and set “Get regulatory region consequences” to “No”).

<br>

<br>    Comparing the positions in EnsEMBL’s genome browser and UCSC’s, these regions appear to be intergenic in EnsEMBL while in UCSC theyo hit RefSeq transcripts - a pseudogene (LOC645166) and a protein-coding gene (NBPF1) respectively. If I add the “--use_given_ref” flag, vep reports the same transcripts as UCSC. However, this raises two questions:

<br>

1. Is adding the “--use_given_ref” flag the right thing to do? Vep reports mismatches (“rseq_mrna_nonmatch&rseq_5p_mismatch&rseq_cds_mismatch&rseq_3p_mismatch&rseq_ens_no_match”), which suggests that this is not the best mapping for the transcript and hence why EnsEMBL’s alignment is different.

<br>

2. If I don’t add the “--use_given_ref” flag, why isn’t VEP reporting these variants as intergenic?

<br>

<br>    Kind regards,

<br>    Luke

<br>

This e-mail message contains confidential information intended only for the use of the individual or entity to which it is addressed. If you are not the intended recipient, please do not disseminate, distribute or copy this communication, by e-mail or otherwise. Instead, please notify us immediately by return e-mail and then delete and discard all copies of the e-mail. We have taken all reasonable precautions to check this e-mail and any attachments for viruses, but we cannot accept any liability for any damage sustained as a result of any virus, worm or other malicious software. Achilles Therapeutics Limited (10167668) is registered in England and Wales. The registered office is at 215 Euston Road, London, NW1 2BE, UK.

<br>    _______________________________________________

<br>    Dev mailing list    Dev@ensembl.org

<br>    Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flists.ensembl.org%2Fmailman%2Flistinfo%2Fdev&data=02%7C01%7Cl.goodsell%40achillestx.com%7C06520598b7a04c5c832108d530ecaf4c%7C6681f8afefec4f58b633944e0b80eb58%7C0%7C0%7C636468715487973256&sdata=p1feCi5bUXNnVUui6bmDrG0NnTfhFSiDRDxv65ZolBM%3D&reserved=0

<br>    Ensembl Blog: https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.ensembl.info%2F&data=02%7C01%7Cl.goodsell%40achillestx.com%7C06520598b7a04c5c832108d530ecaf4c%7C6681f8afefec4f58b633944e0b80eb58%7C0%7C0%7C636468715487973256&sdata=pO6uWQUmnm9tLVK3bBjXxZi8RzSgxABgsxVX9V8Vh14%3D&reserved=0

<br>

<br>

<br>

This e-mail message contains confidential information intended only for the use of the individual or entity to which it is addressed. If you are not the intended recipient, please do not disseminate, distribute or copy this communication, by e-mail or otherwise. Instead, please notify us immediately by return e-mail and then delete and discard all copies of the e-mail. We have taken all reasonable precautions to check this e-mail and any attachments for viruses, but we cannot accept any liability for any damage sustained as a result of any virus, worm or other malicious software. Achilles Therapeutics Limited (10167668) is registered in England and Wales. The registered office is at 215 Euston Road, London, NW1 2BE, UK.

<br>_______________________________________________<br>Dev mailing list    Dev@ensembl.org<br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev<br>Ensembl Blog: http://www.ensembl.info/<br></div></div></span></blockquote></div></body></html>