<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Hi Allessandro,<br>

<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Is there a way to extract the BAM-edited sequences? I'd simply like to get FASTA files of the RefSeq cDNA and proteins as used by VEP.<br>

<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Kind regards,<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Luke<br>

<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

<br>

<br>

<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

From: Alessandro Vullo<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Sent: Monday, 4 December, 17:44<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Subject: Re: [ensembl-dev] GRCh37 Protein sequence has asterisks<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

To: Ensembl developers list, Luke Goodsell<br>

<br>

<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Hi Luke, The problem is likely to depend on RefSeq differing from the reference. Are you using VEP and then retrieving the sequence as annotated by it? Quoting the relevant people (VEP): "VEP uses BAMs to correct RefSeqs that differ from the reference, and

 without those the API can give incorrect translations. This will hopefully be fixed in future when the SeqEdit objects that VEP creates from the BAMs are incorporated directly into the otherfeatures DB." Hope that helps, Alessandro

<br>

<br>

</div>

This e-mail message contains confidential information intended only for the use of the individual or entity to which it is addressed. If you are not the intended recipient, please do not disseminate, distribute or copy this communication, by e-mail or otherwise.

 Instead, please notify us immediately by return e-mail and then delete and discard all copies of the e-mail. We have taken all reasonable precautions to check this e-mail and any attachments for viruses, but we cannot accept any liability for any damage sustained

 as a result of any virus, worm or other malicious software. Achilles Therapeutics Limited (10167668) is registered in England and Wales. The registered office is at 215 Euston Road, London, NW1 2BE, UK.

</body>

</html>