<html><head><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Hi Andrew,</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">A few of pieces of information would be useful:</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">- a particular variant or location you’re querying that recreates the issue</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">- the code and context from which you’re making the call</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">- whether you’re using remotely accessed VCFs or locally downloaded (if you don’t know then it’s likely the VCFs are being accessed remotely)</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Regards</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Will McLaren</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Ensembl Variation</div> <br> <div id="bloop_sign_1512466770463314944" class="bloop_sign"></div> <br><p class="airmail_on">On 4 December 2017 at 5:31:07 pm, andrew126@mac.com (<a href="mailto:andrew126@mac.com">andrew126@mac.com</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite" class="clean_bq"><span><div><div></div><div>Hi,

<br>

<br>In using API 90, when recovering all available allele frequencies for a particular variation feature, occassionally this message is shown in stderr:

<br>

<br>      [W::bgzf_read_block] EOF marker is absent. The input is probably truncated

<br>

That message seems to correlate with some allele frequencies not being found/reported by my script (in my case, the gnomAD frequencies).

<br>

That is, when that message is not seen in stderr, I recover gnomAD frequencies for a particular variation feature; but when the message is seen, then it can look like that same variation feature doesn't have any gnomAD frequencies (even though it does).

<br>

Is there any way to make such an event fatal to any API script?  I'd much rather have my script fail/exit under such errors, than to not have it fail and risk believing such allele frequencies don't exist.

<br>

Thanks.

<br>

Please let me know if any other information would be useful.

<br>

<br>Best,

<br>

<br>Andrew

<br>

<br>

<br>_______________________________________________

<br>Dev mailing list    Dev@ensembl.org

<br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev

<br>Ensembl Blog: http://www.ensembl.info/

<br></div></div></span></blockquote></body></html>