<div dir="ltr">Hi all,<br><div><br>I am trying to run the Compara 
protein-tree pipeline (v91) on a set of two core ensembl genomes and 
three custom genomes (stored locally) using a master database.</div><div><br></div><div>when I run <a href="http://beekeeper.pl">beekeeper.pl</a> script load_genomedb fails to find my local genomes (but it loads correctly the ensembl core genomes), and drops this kind of error message:</div><div><br></div><div>Could not 
find species_name='petromyzon_marin<wbr>us', assembly_name='germline_final' on the servers provided, please investigate at /home/hd/hd_hd/hd_cc141/EnsEMB<wbr>L/ensembl-compara/modules/Bio/<wbr>EnsEMBL/Compara/RunnableDB/<wbr>LoadOneGenomeDB.pm line 179.</div><div><br></div><div>the information regarding the local genomes is stored in a .json file and loaded in the genome_db table of the master database. The .json file is invoked in pipeline conf script using:</div><div><br></div><div>'curr_file_sources_locs'  => [ '/home/hd/hd_hd/hd_cc141/Vertebrates_project/Ensembl_compara/non_ensembl_species.json' ]</div><div><br></div><div>Thank you for your help,</div><div>Francesco.<br></div><div><span class="gmail-gI"><span></span></span></div></div>