<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Mateus,<br><br></div>thank you for the answer. <br><br></div>I tried to implement your solution, but I get this type of error:<br><br>|          13 | load_genomedb                 |              4 |     13 |      10 |         9 | 2017-12-18 17:06:40 |     0 | FETCH_INPUT  | Sorry, could not figure out how to make a DBConnection object out of 'Bio::EnsEMBL::Compara::GenomeMF/filename=/home/hd/hd_hd/hd_cc141/Vertebrates_project/Ensembl_compara/non_ensembl_species.jsonindex=1' at /beegfs/home/hd/hd_hd/hd_cc141/EnsEMBL/ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/Utils.pm line 366.<br><br></div>thanks,<br></div>Francesco<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-12-18 12:28 GMT+01:00 Mateus Patricio <span dir="ltr"><<a href="mailto:mateus@ebi.ac.uk" target="_blank">mateus@ebi.ac.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Francesco,<div><br></div><div>Could you please try adding the following to the locator field in the genome_db table for each of your custom genomes?</div><div><br></div><div><blockquote type="cite">Bio::EnsEMBL::Compara::<wbr>GenomeMF/filename=/home/hd/hd_<wbr>hd/hd_cc141/Vertebrates_<wbr>project/Ensembl_compara/non_<wbr>ensembl_species.jsonindex=1</blockquote></div><div><br></div><div>Please match the index=1, index=2 to the order in which each genomes are declared in your file.</div><div><br></div><div>If your json file looks like this:</div><div><br></div><div><font face="Courier New">{</font></div><div><font face="Courier New">    "production_name" : "species1",</font></div><div><font face="Courier New">    "taxonomy_id"     : "8508",</font></div><div><font face="Courier New">    "cds_fasta"       : “species1.cds.fa",</font></div><div><font face="Courier New">    "prot_fasta"      : "species1.prot.fa",</font></div><div><font face="Courier New">    "gene_coord_gff"  : "species1.gff",</font></div><div><font face="Courier New">    "source"          : "augustus_maker",</font></div><div><font face="Courier New">},</font></div><div><font face="Courier New"><br></font></div><div><font face="Courier New">{</font></div><div><font face="Courier New">    "production_name" : "species2",</font></div><div><font face="Courier New">    "taxonomy_id"     : "8496",</font></div><div><font face="Courier New">    "cds_fasta"       : “species2.cds.fa",</font></div><div><font face="Courier New">    "prot_fasta"      : “species2.prot.fa",</font></div><div><font face="Courier New">    "gene_coord_gff"  : "species2.gff",</font></div><div><font face="Courier New">    "source"          : "refseq",</font></div><div><span style="font-family:'Courier New'">},</span> </div><div><br></div><div>You could add this info to the genome_db table:</div><div><br></div><div><font face="Courier New">INSERT INTO genome_db (locator) VALUES ('Bio::EnsEMBL::Compara::<wbr>GenomeMF/filename=/home/hd/hd_<wbr>hd/hd_cc141/Vertebrates_<wbr>project/Ensembl_compara/non_<wbr>ensembl_species.jsonindex=1’) <wbr>WHERE name = ’species1'</font></div><div><font face="Courier New">INSERT INTO genome_db (locator) VALUES ('Bio::EnsEMBL::Compara::<wbr>GenomeMF/filename=/home/hd/hd_<wbr>hd/hd_cc141/Vertebrates_<wbr>project/Ensembl_compara/non_<wbr>ensembl_species.jsonindex=2’) <wbr>WHERE name = ’species2’</font></div><div><font face="Courier New"><br></font></div><div>I hope that helps.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Mateus.</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 14 Dec 2017, at 17:17, Francesco Lamanna <<a href="mailto:francesco.lamanna@gmail.com" target="_blank">francesco.lamanna@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-1017613695483224596Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi all,<br><div><br>I am trying to run the Compara 
protein-tree pipeline (v91) on a set of two core ensembl genomes and 
three custom genomes (stored locally) using a master database.</div><div><br></div><div>when I run <a href="http://beekeeper.pl/" target="_blank">beekeeper.pl</a> script load_genomedb fails to find my local genomes (but it loads correctly the ensembl core genomes), and drops this kind of error message:</div><div><br></div><div>Could not 
find species_name='petromyzon_marin<wbr>us', assembly_name='germline_final' on the servers provided, please investigate at /home/hd/hd_hd/hd_cc141/EnsEMB<wbr>L/ensembl-compara/modules/Bio/<wbr>EnsEMBL/Compara/RunnableDB/Loa<wbr>dOneGenomeDB.pm line 179.</div><div><br></div><div>the information regarding the local genomes is stored in a .json file and loaded in the genome_db table of the master database. The .json file is invoked in pipeline conf script using:</div><div><br></div><div>'curr_file_sources_locs'  => [ '/home/hd/hd_hd/hd_cc141/<wbr>Vertebrates_project/Ensembl_<wbr>compara/non_ensembl_species.<wbr>json' ]</div><div><br></div><div>Thank you for your help,</div><div>Francesco.<br></div><div><span class="m_-1017613695483224596gmail-gI"><span></span></span></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>