<div dir="ltr"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">The VEP option --AUTO should be capable of running a fully automatic installation.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">However, if --DESTDIR is specified, the script will pause for input, and may exit prematurely.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">Automatic installation may be desirable for some users who also wish to specify a non-standard DESTDIR, <span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"> for example, if building a Singularity image</span>.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">I suggest adding a test for $AUTO to skip the exit associated with the PERL5LIB/PATH warning, for example:</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"></p><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"> <span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt"> # check if $DEST_DIR is default</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">  if(defined($DEST_DIR)) {</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    print "Using non-default API installation directory $DEST_DIR.\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    print "Please note this just specifies the location for downloaded API files. The vep script will remain in its current location where ensembl-vep was unzipped.\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    print "Have you \n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    print "1. added $DEST_DIR to your PERL5LIB environment variable?\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    print "2. added $DEST_DIR/htslib to your PATH environment variable?\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    if( $this_os eq 'darwin' && !$NO_HTSLIB) {</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      print "3. added $DEST_DIR/htslib to your DYLD_LIBRARY_PATH environment variable?\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    }</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    print "(y/n): ";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    my $ok = <>;</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt"><br></span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt"> <b>   # do not exit if AUTO</b></span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt"><b></b><div><b>    if($AUTO) {</b></div><div><b>      $ok = 'y';</b></div><div><b>    }</b></div><div><br></div>    if($ok !~ /^y/i) {</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      print "Exiting. Please \n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      print "1. add $DEST_DIR to your PERL5LIB environment variable\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      print "2. add $DEST_DIR/htslib to your PATH environment variable\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      if( $this_os eq 'darwin' && !$NO_HTSLIB) {</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">        print "3. add $DEST_DIR/htslib to your DYLD_LIBRARY_PATH environment variable\n";</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      }</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      exit(0);</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    }</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    if( ! -d $DEST_DIR ) {</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">      mkdir $DEST_DIR || die "Could not make destination directory $DEST_DIR"</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    }</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">    $default_dir_used = 0;</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:"Courier New",monospace,serif,EmojiFont;font-size:10pt">  }</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>ॐ<br>Michael Yourshaw<br><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu" target="_blank">myourshaw@gmail.com</a><br><br>This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</div></div></div></div>
</div>