<div dir="ltr"><div>Dear Laurent,</div><div><br></div><div>Thanks a lot for your response.</div><div><br></div><div>It was a typo. Actually I have used "--" before the custom option while running vep. </div><div><br></div><div>May be Segmentation fault error is due to Bio:DB:HTS perl module. I will run again after installing the same and let you know the status.</div><div><br></div><div>Please suggest me if error is not related to module.</div><div><br></div><div>Thanks & Regards</div><div>Fazulur Rehaman</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 28, 2018 at 12:16 PM, Laurent Gil <span dir="ltr"><<a href="mailto:lgil@ebi.ac.uk" target="_blank">lgil@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Dear Fazulur,</p>
    <p>Regarding your VEP command it looks like you missed to add "--"
      before the "custom" option:</p>
    <p><b>vep -i [vepdir]/examples/homo_<wbr>sapiens_GRCh37.vcf -cache
        --ASSEMBLY GRCh37 --fork 4 --custom
gnomad.exomes.r2.0.1.sites.<wbr>vcf.gz,gnomADg,vcf,exact,0,AF_<wbr>AFR,AF_AMR,AF_ASJ,AF_EAS,AF_<wbr>FIN,AF_NFE,AF_OTH</b></p>
    <p>Best regards,<br>
    </p>
    <pre class="m_-4724915924681828514moz-signature" cols="72">Laurent
Ensembl Variation
</pre><div><div class="h5">
    <div class="m_-4724915924681828514moz-cite-prefix">On 27/02/2018 19:04, Rehaman wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">Dear Ensembl team,
        <div><br>
        </div>
        <div>I am running VEP for GRCh37 assembly and as you mentioned
          some of alleles may not get Allele frequencies and so I want
          to test custom annotation optio</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I tried running vep with example vcf and getting
          "Segmentation Fault" error. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Command:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><b>vep -i [vepdir]/examples/homo_<wbr>sapiens_GRCh37.vcf -cache
            --ASSEMBLY GRCh37 --fork 4 custom
gnomad.exomes.r2.0.1.sites.<wbr>vcf.gz,gnomADg,vcf,exact,0,AF_<wbr>AFR,AF_AMR,AF_ASJ,AF_EAS,AF_<wbr>FIN,AF_NFE,AF_OTH</b><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Could you please give me suggestions on this.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks & Regards</div>
        <div>Fazulur Rehaman</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="m_-4724915924681828514mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>______________________________<wbr>_________________
Dev mailing list    <a class="m_-4724915924681828514moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="m_-4724915924681828514moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="m_-4724915924681828514moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div>