<div dir="ltr">Hi Guys<div><br></div><div>I am retrieving variations using the API that have a certain value of MAF</div><div><br></div><div>for example rs770602</div><div><br></div><div>If you retrieve this variation </div><div><br></div><div>like so: $vf->minor_allele_frequency</div><div><br></div><div>it reports a MAF of 0.495807</div><div><br></div><div>but when I get each allele <br><br></div><div><div>my @alleles = @{$vf->get_all_Alleles};</div></div><div><br></div><div>and I cycle through them, their frequency is undef</div><div><br></div><div><div>foreach my $a (@alleles){</div><div><span style="white-space:pre">        </span>my $freq = $a->frequency();</div><div><span style="white-space:pre">        </span>print <span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><span> </span>$freq;</span></div><div>}</div></div><div><br></div><div>How do I retrieve the frequency calculated for each individual alleles on the variation?</div><div><br></div><div>Many thanks</div><div><br></div><div>Duarte<br></div><div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"></div></div></div>
</div></div>