<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I'm trying to retrieve the allele frequencies for different variants and for different databases.</div><div>I'm using the /vep/human/id/ REST endpoint and it mostly works fine.</div><div><br></div><div>I have, however, trouble retrieving the gnomAD frequencies for some variants. Interestingly, the web interface reports them as we would expect, but they are not present in the JSON payload returned by the REST API call.</div><div><br></div><div>One such example:</div><div><br></div><div>Variant identifier: rs901011140</div><div>Variant location: 1:955277<br></div><div><br></div><div>Variant data on gnomAD: <a href="http://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-955277-G-C">http://gnomad.broadinstitute.org/variant/1-955277-G-C</a></div><div>Note that they don't have the dbSNP identifier on file (<font face="monospace, monospace">not found in dbSNP</font>).</div><div><br></div><div>Variant data on Ensembl web: <a href="http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?v=rs901011140">http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?v=rs901011140</a></div><div>Note that the AFs are correctly mirroring what's being reported on gnomAD.<br class="gmail-Apple-interchange-newline"><br></div><div>Variant data fetched over the REST API: <a href="http://grch37.rest.ensembl.org/vep/human/id/rs901011140?content-type=application/json">http://grch37.rest.ensembl.org/vep/human/id/rs901011140?content-type=application/json</a></div><div>Note that MAFs are not being returned at all.</div><div><br></div><div>Am I doing something wrong? Are the AFs not being returned on the API endpoint for a particular reason?</div><div><br></div><div>Thank you very much for your help!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jonathan</div><div><br></div><div>P.S.: GRCh38 yields the same results:</div><div><a href="http://rest.ensembl.org/vep/human/id/rs901011140?content-type=application/json">http://rest.ensembl.org/vep/human/id/rs901011140?content-type=application/json</a><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?v=rs901011140">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?v=rs901011140</a><br></div></div>