<div dir="ltr">Hi Matthieu,<div>I see -- thanks for clarifying this!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Greg</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Jun 4, 2018 at 3:51 PM Matthieu Muffato <<a href="mailto:muffato@ebi.ac.uk">muffato@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Greg<br>
<br>
Indeed we don't compute the "high-confidence" flag on paralogues. Of <br>
what we do for orthologues, only the threshold on the percentage of <br>
sequence identity / coverage could apply to paralogues, but we haven't <br>
looked at identifying sensible thresholds.<br>
<br>
Matthieu<br>
<br>
On 01/06/18 15:42, Greg Slodkowicz wrote:<br>
> Hello,<br>
> I've been using the biomaRt R package to obtain paralogs for yeast and <br>
> noticed that I'm getting the value of NA for <br>
> the scerevisiae_paralog_paralogy_confidence attribute in all cases. I <br>
> was wondering why that is and if there's any way to identify the more <br>
> reliable paralog predictions?<br>
> <br>
> Many thanks,<br>
> Greg<br>
> <br>
</blockquote></div>