<div dir="ltr"><div><div>Dear all, <br><br></div>I am writing to ask please for a piece of help regarding biomart and R. I am using the piece of R code below, that was inspired by the package StructuralVariantAnnotation :<br><br><a href="https://github.com/PapenfussLab/gridss/blob/master/example/somatic-fusion-gene-candidates.R" target="_blank">https://github.com/<wbr>PapenfussLab/gridss/blob/<wbr>master/example/somatic-fusion-<wbr>gene-candidates.R</a>; to annotate the Structural Variants from DELLY. <br><br>However, the coordinates on chr21 are not annotated properly, in the sense that : shall I input the following coordinates for a breakpoint "chr21:10813930-10813931", it gives me the gene annotations such as "SMIM11B,U2AF1L5,LOC102724652,CRYAA,U2AF1,CBS"



        
        
        <span></span>
        
        
        



<table cellspacing="0" border="0" style="font-family:"Liberation Sans";font-size:x-small"><colgroup width="134"></colgroup><tbody style="font-family:"Liberation Sans";font-size:x-small">
</tbody></table>



<br></div><div>I can send you the full code in R, if you wish. Would you please let me know --- how shall I fix it ? thank you very much !</div><div><br></div><div>-- bogdan</div><div><br></div>##################### the piece of R code that I am using is the following : ##############################<wbr>#############################<br><br><div>gns <- genes(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.<wbr>knownGene)<br><br>hits <- as.data.frame(findOverlaps(gr, gns, ignore.strand=TRUE))<br><br>          <br>hits$SYMBOL <- biomaRt::select(org.Hs.eg.db, gns[hits$subjectHits]$gene_id, "SYMBOL")$SYMBOL<br><br>hits$gene_strand <- as.character(strand(gns[hits$<wbr>subjectHits]))<br><br>hits <- hits %>%<br>  group_by(queryHits) %>%<br>  summarise(SYMBOL=paste(SYMBOL, collapse=","), gene_strand=paste0(gene_<wbr>strand, collapse=""))<br></div></div>