<div dir="ltr">Hi Ensembl Dev Team<div><br></div><div>I have set up a mysql db containing homo_sapiens_core_92_38.</div><div><br></div><div>After that I tried to import the NCBI file:</div><div><br></div><div><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p12_top_level.gff3.gz">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p12_top_level.gff3.gz</a><br></div><div><br></div><div>I use the following perl script to do that:</div><div><br></div><div>ensembl-pipeline/scripts/refseq_import/<a href="http://parse_ncbi_gff3.pl">parse_ncbi_gff3.pl</a><br></div><div><br></div><div>The process will be killed during the loading:</div><div><br></div><div>Last output lines:</div><div>***</div><div><div>Slice NT_187386.1 found (scaffold:GRCh38:KI270731.1:1:150754:1)</div><div>Slice NT_187388.1 found (scaffold:GRCh38:KI270733.1:1:179772:1)</div><div>Slice NT_187389.1 found (scaffold:GRCh38:KI270734.1:1:165050:1)</div><div>Slice NC_000023.11 found (chromosome:GRCh38:X:1:156040895:1)</div><div>Killed</div></div><div>***</div><div><br></div><div>Any ideas from your side?</div><div><br></div><div>I did the same for other species and this works all fine.</div><div><br></div><div>regards,</div><div>David</div><div><br></div><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif">David Herzig</font></div><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif">Senior Scientist<br>Roche Pharma Research and Early Development<br>Roche Innovation Center Basel<br><br>F. Hoffmann-La Roche Ltd<br>Grenzacherstrasse 124<br>4070 Basel<br>Switzerland<br>Phone +41 61 687 31 70</font><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:Imago"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:black;font-size:10pt"><font face="tahoma, sans-serif">Learn more about pRED Informatics at </font></span><a href="http://go.roche.com/pREDi" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.3333px" target="_blank"><span style="font-size:12.8px">http://go.roche.com/</span><b style="font-size:12.8px">pREDi</b></a><br></span></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>