<div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">This question relates to VEP 93 Human.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">I've seen a few cases where the hgvsc computed by VEP seems to be wrong. </p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">for example the genomic variant chr1:942451T>C (rs6672356) for the canonical transcripts produces these hgvsc values in VEP:</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">    - 'ENST00000342066.7:c.1027T>C'</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">    - 'NM_152486.2:c.1027T>C'</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">Looking at the cDNA sequence, the reference for NM_152486.2:c.1027</span> is not T but C.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">As best I can tell, <span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">chr1:942451 does not map to cDNA NM_152486.2 at 1027, but rather to 1099, which contains the expected T as a reference.</span></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"><br></span></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">The Alamut annotator for this variant fails with the reason "Transcript NM_152486.2: Genome/Transcript discrepancy: Alternate genomic nucleotide (C) same as transcript nucleotide (Assembly: GRCh38)"</span></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">dbSNP for <span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">rs6672356 contains</span><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span></p><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">    NM_152486.2:c.1027C=</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">    NM_152486.2:c.1027C>T</div><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"><br></span></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">This particular issue has a discussion in BioStars (<a href="https://www.biostars.org/p/239892/" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="gmail-x_OWAAutoLink" id="gmail-LPlnk632316">https://www.biostars.org/p/239892/</a>). But I do not think the explanation suggested there applies: that it is just a difference between RefSeq and the reference genome.</span></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"><br></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">These variants also seem to have a similar problem:</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px"></p><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">rs10902758 NC_000004.12:g.654854G>A NM_000283.3:c.958G>A</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">*** NM_000283.3:c.958G>A: Variant reference (G) does not agree with reference sequence (A)</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">rs10902758 NC_000004.12:g.654854G>A NM_001145291.1:c.958G>A</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">*** NM_001145291.1:c.958G>A: Variant reference (G) does not agree with reference sequence (A)</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">rs10902758 NC_000004.12:g.654854G>A NM_001145292.1:c.121G>A</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">*** NM_001145292.1:c.121G>A: Variant reference (G) does not agree with reference sequence (A)</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,serif,EmojiFont;font-size:16px">rs10902758 NC_000004.12:g.654854G>A XM_011513473.2:c.1177G>A</div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>ॐ<br>Michael Yourshaw<br><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu" target="_blank">myourshaw@gmail.com</a><br><br>This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</div></div></div></div></div></div>