<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello Ensembl dev community,<div><br>I used the Ensembl REST API for the first time yesterday, to fetch eQTL results associated with a set of SNPs. But the results I get from the Ensembl API don't match those from a manual query I performed on the GTEx website.</div><div><br></div><div>I used this endpoint: <a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/species_variant" style="color:rgb(0,136,204);text-decoration-line:none;font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px" target="_blank">GET eqtl/variant_name/:species/:variant_name</a> </div><div><a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/species_variant" target="_blank">http://rest.ensembl.org/documentation/info/species_variant</a></div><div><div>Isn't GTEx the source for these eQTL associations?  </div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div><div>Here is the snippet of Perl code I used to fetch results for a snp:</div><div>---</div><div><div>    print "$snp\n";</div><div><br></div><div>    my $ping_endpoint = "/eqtl/variant_name/homo_sapiens/$snp";</div><div>    my $url = $server.$ping_endpoint;</div><div>    my $response = rest_request($url, $headers);</div><div>    for my $cur ( @{ $response }) {</div><div>        my $tis=$cur->{tissue};</div><div>        my $val=$cur->{value};</div><div>        my $gene=$cur->{gene};</div><div>        my $statistic=$cur->{statistic};</div><div>        if  ($statistic=~/p-value/) {</div><div>            print OUT "$snp\t$tis\t$gene\t$statistic\t$val\n";</div><div>        }</div><div>    }</div><div>close(OUT) || die "$!";</div></div><div>---</div><div><br></div><div>As an example, according to my API call, the only significant eQTL for rs11703062 is this:</div><div>rs11703062  Adipose_Visceral_Omentum    ENSG00000100376 p-value 0.0289612051829416<br></div><div><br></div><div>But the GTex page lists many more (see "significant eGenes" table in screenshot).</div><div><div><img src="cid:ii_josrvy5a0" alt="Screen Shot 2018-11-22 at 10.49.34 AM.png" width="511" height="236"><br></div></div><div><br></div><div>What am I missing here?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>Shraddha</div><div>----<br>
Shraddha Pai<br>
Post-doctoral Fellow, <a href="http://baderlab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://baderlab.org</a><br>
The Donnelly Center, University of Toronto<br></div></div></div></div></div>