<div dir="ltr"><div>Hi Andrew,</div><div><br></div><div>thanks for the answer! <br></div><div><br></div><div>Indeed I m aware that you use * or Ter for stop codons; I m just a bit surprised that you use 'X' (some old school people confuses it with the stop codon, e.g. clinicians) instead of a 'fs' label or similar, which in my humble opinion is more self-explanatory (but this can be due to my ignorance of whether 'X' is accepted for that, although --regardless of possible standards I do not know-- that I m finding several people that gets confused by that is a fact!)</div><div><br></div><div>br</div><div>d<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El mié., 5 dic. 2018 a las 12:54, Andrew Parton (<<a href="mailto:aparton@ebi.ac.uk">aparton@ebi.ac.uk</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi David,<br>
<br>
We use X to describe a partial codon - to refer to a stop codon we use either * or Ter.<br>
<br>
Kind Regards,<br>
Andrew<br>
<br>
> On 5 Dec 2018, at 11:04, David Tamborero <<a href="mailto:david.tamborero@gmail.com" target="_blank">david.tamborero@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi there, <br>
> <br>
> I m realizing that when inputing a frameshift genomic variant, VEP annotates the corresponding protein change using 'X' as the alt aminoacid (is not 'X' normally refering to the stop codon?)<br>
> <br>
> e.g. 8_90967511_CT/C  results in NBN p.466 R/X, but I will expect to have something like R466Gfs*18<br>
> <br>
> thanks!<br>
> d<br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>