<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi there,</div><div><br></div><div>I m badly interested in converting protein changes to genomic changes via the VEP  standalone perl script. Of note, I have the gene (but not the specific transcript) in which such a change is annotated (eg NRAS:Q61L).</div><div><br></div><div>I m experiencing some problems that I cannot figure it out how to solve; I ve tried to find any documentation to address those in the dev list archives etc but I failed. So I hope this is a good way to look for help (thanks in advance!). <br></div><div><br></div><div>I m using VEP 93.3 with hg19 (I do not think that the vep parameters are relevant, but note that I m using vcf as output format since I need the coordinates in chr-pos-ref-alt   ---and not HGVS---  format). <br></div><div><br></div><div>-- insertion of stop codons--</div><div><br></div><div>so for cases as CDKN2A:p.Q50* or PTEN:p.R233*, VEP works smooth; however, for other cases (eg BRCA2:p.S662*) VEP does not seem happy and does not give an output. <br></div><div><br></div><div>My guess is that this has to be with the fact that the ones that work are stop codons caused by a specific nucleotide change (eg. CDKN2A:p.Q50* -> chr10 89717672 C>T) whereas those that do not work are caused by insertions, which I guess it gives a larger universe of possible nucleotide changes. <br></div><div><br></div><div> However, why not to have a 'more possible' guess? e.g. for BRCA2:p.S662*, TransVar gives a fair chr13:g.32910477_32910478delCTinsAA try.</div><div><br></div><div>--indels--</div><div><br></div><div>here I m failing badly. I m not even sure that I m using the correct nomenclature. For instance, for frameshifts, DTX1:p.P11fs*2 is giving a 'Unable to parse HGVS notation' error. I went to the variant recoder API REST, and this specific variant in cdna nomenclature (which i retrieved also by TransVar), is represented as <span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">"ENSP00000257600.3:p.Pro11LeufsTer2" in protein coordinates<br></span></span></div><div><br></div><div><a href="https://rest.ensembl.org/variant_recoder/human/DTX1:c.32delC?content-type=application/json" target="_blank">https://rest.ensembl.org/variant_recoder/human/DTX1:c.32delC?content-type=application/json</a></div><div><br></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">but when I input this representation to the VEP command, I m having the format error anyway, even after changing <span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">ENSP00000257600 for the gene  (DTX1) or transcript (ENST00000257600) <span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">name</span></span></span></span> plus some alterntives to the <span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">p.Pro11LeufsTer2 representation.</span></span></span></span></span></span></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><br></span></span></span></span></span></span></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">Am I missing some point?</span></span></span></span></span></span></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><br></span></span></span></span></span></span></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">many thanks in advance (and congratulations for such a great tool!)</span></span></span></span></span></span></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">br</span></span></span></span></span></span></div><div><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string"><span><span class="m_-5679131016372609052gmail-objectBox m_-5679131016372609052gmail-objectBox-string">d<br></span></span></span></span></span></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>