<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">I'm using VEP version 93, locally installed with the cache.</div><div dir="ltr"><br></div><div>This VCF input in the NANS gene:</div><div dir="ltr"><div>        chr9 98056788 rs3199064 T G ...</div><div><br></div><div>yields the VEP json output:</div><div>        ...,"gene_symbol":NaN,...</div><div><br></div><div>and fails a python script, which expects a string, because an unquoted NaN is treated as a float and casts to the string "nan".</div><div><br></div><div>A similar problem can happen when the transcript_id looks like a number:</div><div>        chr9 98056788 rs3199064 T G<br></div><div>yields</div><div>        ...,"transcript_id":3494,...<br><div>In this latter case, casting transcript_id as a string works, but the need to cast is a trap for the unwary.</div><div><br></div><div>The json writer seems to be too clever for its own good, as values that don't look like numbers, such as "ENST00000495319" and "IGHA2" have the expected double-quoting in the json.</div><div><br></div><div>Indeed it seems odd that NANS becomes float NaN, whereas NANP and other NAN* genes remain proper json strings.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>ॐ<br>Michael Yourshaw<br><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu" target="_blank">myourshaw@gmail.com</a><br><br>This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>