<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>For the variant chr19:g.39075695C>T, the SIFT and PolyPhen score are changed in recent versions of VEP.</div><div><br></div><div><table cellspacing="0" cellpadding="0" dir="ltr" border="1" style="table-layout:fixed;font-size:10pt;font-family:arial,sans,sans-serif;width:0px;border-collapse:collapse;border:none"><colgroup><col width="42"><col width="171"><col width="100"><col width="167"></colgroup><tbody><tr style="height:21px"><td style="border:1px solid rgb(0,0,0);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">VEP</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">HGVSc</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">SIFT</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">PolyPhen</td></tr><tr style="height:21px"><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom;text-align:right">87</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">NM_000540.2:c.14759C>T</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">-</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">unknown(0)</td></tr><tr style="height:21px"><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom;text-align:right">88</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">NM_000540.2:c.14759C>T</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">deleterious(0)</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">unknown(0)</td></tr><tr style="height:21px"><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom;text-align:right">89</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">NM_000540.2:c.14759C>T</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">deleterious(0)</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">unknown(0)</td></tr><tr style="height:21px"><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom;text-align:right">90</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">NM_000540.2:c.14759C>T</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">deleterious(0)</td><td style="border-width:1px;border-style:solid;border-color:rgb(204,204,204) rgb(0,0,0) rgb(0,0,0) rgb(204,204,204);overflow:hidden;padding:2px 3px;vertical-align:bottom">probably_damaging(0.998)</td></tr></tbody></table></div><div><br></div><div>The above table shows that for NM_000540.2:c.14759C>T, SIFT is changed from  '-' to 'deleterious(0)' since VEP 88 and PolyPhen is changed from 'unknown(0)' to 'probably_damaging(0.998)'  since VEP 90.</div><div><br></div><div>There is no change in software version of SIFT (sift5.2.2) and PolyPhen (2.2.2) in these versions of VEP, so I wonder what causes to the change in the prediction scores.</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Regards,<div>Wallace Ko</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>