<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">I was hoping to get some clarification on how the upstream_gene_variant and downstream_gene_variant consequences are determined.</div><div dir="ltr"><br></div><div>We've found several cases where a variant will have downstream or upstream consequences when that variant appears in one VCF, but will be annotated without those consequences when in another VCF. </div><div><br></div><div>Our best guess is that the context of surrounding variants in the VCF is changing whether those consequences are applied.</div><div><br></div><div>Is that how it is supposed to work? We're running version 89.7.</div><div><br></div><div>Matt</div></div></div></div>