<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>When the variant '11 70742675 G/A' is annotated with VEP, there are 2 results with high and moderate impact:</div><div><ol><li>NM_012309.4:c.958C>T (cDNA position: 1070)<br></li><li>NM_012309.3:c.959C>T (cDNA position: 1037)<br></li></ol><div>For the first result, the actual nucleotide at NM_012309.4:n.1070 is T. May I assume that the FAILED value in BAM EDIT field indicates that the HGVS is incorrect?</div></div><div><br></div><div>For the second result, the actual nucleotide at NM_012309.3:n.1037 is A. And the result of blat on NC_000011.9 show that NM_012309.3:n.1037 aligns to nowhere. I wonder how VEP would produce result. And do you have any suggested practice to filter them?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Wallace Ko</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>