<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Hi David,</p>
    <p>Thanks for the clarification and the positive feedback for the
      team. We do our best to make the desired functionality available
      in due time, sometimes it's easier/faster than other times.<br>
    </p>
    <p>We plan to add a VEP plugin within the next week, which will
      report the nearest exon junction boundary (exon id, bp distance,
      start or end, exon length) for variants in the protein coding
      region, this should answer your case and also provide some
      additional use cases.<br>
    </p>
    <p>For the case of frameshifts and premature stop codons, they are
      handled more efficiently in the main VEP code and is more complex
      to update quickly however we plan to cover this use case in the
      near future.</p>
    <p>I will come back with a mail once the plugin is in.<br>
    </p>
    <p>Best regards,</p>
    <p>Irina<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 21/02/2019 17:17, David Tamborero
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMk_RaSkNpY6z4-KJeWbJwzv-QA1FhZE+3H9BovGVtt1DRtHGQ@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">
        <div dir="ltr">
          <div>Hi Irina, thanks for your answer, it is always awesome
            how diligent you are guys; <br>
          </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>my wishlist:</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>- in my case, what i m interested in is in the distance
            (nucleotides) from my variant 'within' the exon (ie protein
            coding-affecting variant) to the next exon junction. But
            note that other users may be interested in other distances,
            as those that you mention.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>- FYI, i m interested in that info for the variants that
            create preamture stop codons, so I can estimate whether it
            will be likely that the non-mediated decay is triggered
            (which depends on how far it falls regarding the last
            junction of the transcript). Note that --for the same
            reason-- I m also interested in, given a frameshift
            mutation, where the new 'cryptic' stop codon will be placed.
            I currently calculate it by actually using the VEP info that
            can be parsed from the HGVSp column (e.g. p.Glu5ValfsTer5,
            meaning the stop codon in 5 codons after the first 'ectopic
            codon' created by the frameshift, if I remember well).</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Again, I currently address both cases by my own ad hoc
            scripts, but I thought that you already 'have' the info to
            easily output these things, which I think it can be of
            interest for the community (and surely more neat that my
            creepy coding!)<br>
          </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>hope it makes sense!</div>
          <div>br</div>
          <div>d<br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">El jue., 21 feb. 2019 a las
          17:12, Irina Armean (<<a href="mailto:iarmean@ebi.ac.uk"
            moz-do-not-send="true">iarmean@ebi.ac.uk</a>>) escribió:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF">
            <p>Dear David,</p>
            <p>Thanks for the question. We currently don't have this
              functionality however we can easily add the distance to
              the closest exon.</p>
            <p>To clarify, are you interested in getting the distance to
              the nearest exon junction for the variants only when it
              affects a protein coding transcript or also when they are
              upstream/downstream of genes for example?</p>
            <p>Best regards,</p>
            <p>Irina</p>
            <p><br>
            </p>
            <div class="gmail-m_-7639736395750451905moz-cite-prefix">On
              21/02/2019 11:09, David Tamborero wrote:<br>
            </div>
            <blockquote type="cite">
              <div dir="ltr">
                <div>Dear all, <br>
                </div>
                <div><br>
                </div>
                <div>is any flag (which I cannot find) so the VEP output
                  includes the distance of the (coding) variant to the
                  closest exon junction?</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>If not, somebody has a recommended fancy approach
                  to do so? (My current approach is 'just' to match with
                  my own script the VEP output for a given transcript
                  with the exon coordinates data that can be retrieved
                  in e.g. BioMart)</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>many thanks in advance!</div>
                <div>d<br>
                </div>
              </div>
              <br>
              <fieldset
                class="gmail-m_-7639736395750451905mimeAttachmentHeader"></fieldset>
              <pre class="gmail-m_-7639736395750451905moz-quote-pre">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="gmail-m_-7639736395750451905moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank" moz-do-not-send="true">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="gmail-m_-7639736395750451905moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="gmail-m_-7639736395750451905moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
            </blockquote>
            <pre class="gmail-m_-7639736395750451905moz-signature" cols="72">-- 
Irina Armean PhD, Bioinformatican
Ensembl Variation, EMBL-EBI, Hinxton, UK
iarmean[at]<a href="http://ebi.ac.uk" target="_blank" moz-do-not-send="true">ebi.ac.uk</a> | A3 - 135</pre>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- </pre>
  </body>
</html>