<div dir="auto">Thanks! Have a great weekend </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El vie., 15 mar. 2019 18:31, Andrew Parton <<a href="mailto:aparton@ebi.ac.uk">aparton@ebi.ac.uk</a>> escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi David,<br>
<br>
Thanks for the suggestion, we’ve had similar queries to this before. I’ll discuss it with the team on Monday and get back to you.<br>
<br>
Kind Regards,<br>
Andrew<br>
<br>
> On 15 Mar 2019, at 14:01, David Tamborero <<a href="mailto:david.tamborero@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">david.tamborero@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> I received a weird @vep email, and now i m unsure of whether this was published (cannot see it in the archive), so I send it again. Apologies if this is not the case.<br>
> <br>
> =<br>
> <br>
> Hello there,<br>
> <br>
> I m writing with further VEP whishes! The context is that I m matching the  variants given to VEP with the content of a given database(s) that report variant effects (e.g. biomarkers of drug response). I m currently passing these knowledgebases to VEP as a vcf (with the corresponding .tbi) with the --custom flag, which works lovely.<br>
> <br>
> The thing is that I m also interested to have a match when the nucleotide change of the input variant is not the same than the one from the database *but* it leads to the same aminoacid change; something like:<br>
> <br>
> database:  chr1:xxxxxA>C   (geneX p.V28E)<br>
> <br>
> input:  chr1xxxxxxA>C   (geneX p.V28E)  produces a 'perfect match'<br>
> input: chr1yyyyyyyG>T    (geneX p.V28E) produces an 'aminoacid match'<br>
> <br>
> My plan is to keep using your --custom flag to retrieve the 'perfect' match and then to have my own script to retrieve the 'aminoacid match'. However, as you know, this is kind of a hassle (need to map the variants of the original databases with VEP to ensure that the protein statements are fully compatible, and I need to do it each time there is an update etc etc).<br>
> <br>
> In other words, it would be more neat and easy if this 'aminoacid match' is provided by VEP given the --custom vcf file(s). By any chance, do you have some option (that I did not see) that magically does it, or any option that you can implement this in some incoming release?<br>
> <br>
> (as for other requests, I think that this is a feature that would be useful for other users)<br>
> <br>
> Thanks a lot in advance!<br>
> br<br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank" rel="noreferrer">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank" rel="noreferrer">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>